برنامه درسی

درس زیست شناسی سلولی و مولکولی

پرسش و پاسخ در ابتدای هر جلسه

آزمون میان ترم

آزمون پایان ترم

تدریس با کمک اسلایدها و نیز وایت برد در صورت لزوم انجام می شود.

5 دقیقه مرور درس جلسه قبل با انجام پرسش و پاسخ

5 دقیقه اشاره به رئوس مطالب مباحث جلسه جاری

35 دقیقه طرح و ارائه مباحث جلسه جاری با طرح سوال از دانشجویان. هدف از طرح سوال اطلاع از دانش پایه دانشجویان در مورد عنوان درسی آن جلسه است تا آنها به خوبی در پیشبرد مطالب سهیم باشند و درک و انتقال مطلب بدرستی صورت گیرد.

 10 دقیقه استراحت و انجام حضور و غیاب

35 دقیقه ادامه ارائه درس

Stem Cells: Scientific Facts and Fiction 3rd Edition

by Christine L. Mummery (Author), Anja van de Stolpe (Author), Bernard Roelen (Author), Hans Clevers (Author)

Essentials of Stem Cell Biology 3rd Edition

by Robert Lanza (Editor), Anthony Atala (Editor)

جلسه اول: لقاح و نمو اولیه رویان انسان و معرفی سلول بنیادی

جلسه دوم: ویژگی های سلولهای بنیادی (انواع سلول بنیادی از نظر توان)

جلسه سوم: مروری بر تاریخچه کشف و کشت و جداسازی سلولهای بنیادی

جلسه چهارم: چگونه می توان سلولهای بنیادی رویانی را بدست آورد؟

جلسه پنجم: کاربرد سلولهای بنیادی: پیش بسوی درمان با کمک سلولهای بنیادی (معرفی چندین طرح درمانی که شکست خوردند و نتایج برخی هنوز کاملا روشن نیست).

جلسه ششم: موفقیت بزرگ قرن 21 در حوزه سلولهای بنیادی: معرفی سلولهای بنیادی پرتوان القائی (مروری بر آزمایشات دانشمند ژاپنی که موفق به این کشف بزرگ شد)

جلسه هفتم: معرفی انواع سلولهای بنیادی پرتوان و پتانسیلهای هر کدام در حوزه تحقیقات و درمان

جلسه هشتم: پلاستیسیته سلول های بنیادی بالغ (چند توان) و معرفی پدیده ترانس دیفرنشیشن

جلسه نهم: معرفی سلولهای بنیادی چند توان در مغز استخوان و بند ناف (نحوه جداسازی و کاربردهای بالفعل و بالقوه)

جلسه دهم: کلونینگ تولید مثلی (معرفی فرآیند و نیز نحوه تولید دالی) و کلونینگ درمانی (معرفی تکنیک SCNT و فرآیند کشف و انجام آن در مورد انسان و نیز مقایسه توانایی تکنیک iPS و SCNT از نظر افق درمانی)

جلسه یازدهم: پزشکی بازساختی: کاربردهای کلینیکی سلولهای بنیادی (مثالهای عینی: تولید نای و پوست مهندسی شده با کمک سلولهای بنیادی)

جلسه دوازدهم: برخی از بیماری ها در آینده با سلول های بنیادی قابل درمان خواهند بود و برخی دیگر نه چرا؟ (اشاره به مورد دیابت نوع اول، پارکینسون، ام اس و یک نوع ناشنوایی)

جلسه سیزدهم: پیوند سلولهای بنیادی (محدودیتها، نیازها و افقها)

جلسه چهاردهم: مهندسی بافت با کمک سلولهای بنیادی (ضروریات و محدودیتها و نیز معرفی چند مصداق: دریچه های قلبی، نای، گوش، مثانه و بینی)

جلسه پانزدهم: پرداخت بیشتر به موضوع تولید کاردیومیوسیتها برای کمک به افراد با مشکل حمله قلبی به خاطر اهمیت و حجم تحقیقات

جلسه شانزدهم: تولید اندام های کوچک خودساز (ارگانوئیدها) با کمک سلولهای بنیادی چند توان (مثال اندامک روده با توضیحات بیشتر، کبد، پانکراس و مغز)

برای هر کدام از جلسات اهداف جلسه در عنوان طرح درس آمده و گویاست.

در این درس هدف انتقال یک دیدگاه جامع در مورد سلولهای بنیادی، ویژگی های آنها، کاربردها و تحقیقات در حال اجرا و نیز افق های آینده کاربرد این سلولهاست.

ژنتیک مولکولی و ژنتیک جمعیت

آزمون این درس به صورت آزمون پایان ترم می باشد و فعالیت کلاسی دانشجویان و مشارکت در مباحث کلاسی در نمره نهایی آنها اعمال می گردد.

تدریس با کمک اسلایدها و ویدئوپروژکتور و با پرسش و پاسخ از دانشجویان انجام می شود. از دانشجویان خواسته می شود تا در ارائه مطالب مرتبط با این درس بصورت سمینار مشارکت نمایند.

5 دقیقه مرور بر درس جلسه قبل و پاسخ به سوالات احتمالی دانشجویان

5 دقیقه اشاره به عناوینی که در جلسه جاری مطرح خواهند شد. 

35 دقیقه طرح و ارائه درس جدید

10 دقیقه استراحت و حضور و غیاب دانشجویان

35 دقیقه ادامه تدریس

در جلساتی که دانشجویان فعالیت کلاسی به صورت سمینار داشته باشند زمان اختصاص یافته برای هر سمینار حدود 20 دقیقه است.

Genetics and Human Behaviour

by Nuffield Council on Bioethics (Author)

و مقالات مرتبط برای هر کدام از اختلال ها

جلسه اول: مروری بر ساختار و عملکرد سیستم عصبی در پستانداران

جلسه دوم: تکوین سیستم عصبی و نقش مسیرهای مولکولی WNT و NOTCH در این فرآیند

جلسه سوم: ژنتیک رفتاری، تعریف رفتار، اشاره به نقش ژن ها در بروز رفتار: ژنتیک جمع پذیر و غیر جمع پذیر و تعریف توارث پذیری

جلسه چهارم: اشاره به انواع روشهای مطالعه رفتار: مطالعات حیوانی

جلسه پنجم: مطالعات خانواده و مطالعات دو قلوها (برآورد میزان تطابق پذیری برای صفات ناپیوسته با کمک دوقلوها)

جلسه ششم: ادامه مطالعات دوقلوها (معرفی ضریب همبستگی برای صفات پیوسته مثل هوش)

جلسه هفتم: مطالعات فرزندخواندگی و مطالعات ترکیبی

جلسه هشتم: مطالعات همراهی (تعریف و چگونگی انجام مطالعه، مشکل لایه بندی جمعیت و طریقه رفع آن)

جلسه نهم: معرفی اندوفنوتیپ به عنوان راه حلی برای رفع مشکلات مطالعات همراهی، اشاره به یک مثال

جلسه دهم: روش حذف ژن و تولید حیوانات ترانس ژن برای مطالعات رفتاری

جلسه یازدهم: انواع مدل های حیوانی که در مطالعات رفتاری استفاده می شوند

جلسه دوازدهم: ژنتیک بیماری آلزایمر به عنوان یک بیماری تحلیل برنده عصبی

جلسه سیزدهم: ژنتیک بیماری اسکیزوفرنی و بیماری اختلال پانیک

جلسه چهاردهم: ژنتیک اختلال نقص توجه و بیش فعالی

جلسه پانزدهم: ژنتیک اختلال اوتیسم

جلسه شانزدهم: اپی ژنتیک و تاثیر آن روی رفتار

آشنایی دانشجویان با اهمیت ژنتیک در رفتار و بیماری های عصبی

ندارد

ارزیابی این درس به صورت هفتگی و در شروع هر جلسه انجام می شود و دانشجویان متناسب با کیفیت انجام تکلیف نمره کلاسی دریافت می کنند.

آزمون پایان ترم نیز به صورت انجام تکلیف و پروژه کلی در قالب یک فایل پاورپوینت می باشد که نمره آن با نمرات کلاسی جمع بسته می شود.

تدریس ترجیحا در سایت کامپیوتری انجام می شود و در غیراینصورت دانشجویان باید با کامپیوتر شخصی در کلاس حاضر باشند. در صورت نیاز از وایت برد نیز استفاده می شود.

40 دقیقه بررسی تکالیف جلسه قبل دانشجویان و رفع ایرادات و پاسخگویی به اشکالات آنها.

10 دقیقه استراحت و انجام حضور و غیاب

40 دقیقه ادامه ارائه درس جدید با کمک اینترنت و ویدئو پروژکتور

Bioinformatics and Functional Genomics 3rd Edition

by Jonathan Pevsner (Author)

در این درس که بصورت مشترک با آقای دکتر خلج ارائه می شود هدف آشنایی دانشجویان با زمینه های ورود علم بیوانفورماتیک در رشته تخصصی آنها (میکروبیولوژی) و کار کردن با برخی از پایگاههای داده مرتبط است بطوریکه بتوانند در هنگام انجام کارهای بیوانفورماتیکی مرتبط با پایاننامه شان در ترم آینده توانمندی لازم را داشته باشند.  

جلسه اول: معرفی علم بیوانفورماتیک و انواع پایگاههای داده

جلسه دوم: کار کردن با پایگاه نوکلئوتید و پایگاه ژن و گرفتن توالی سی دی اس کامل یک ژن از داخل ژنوم کامل ارگانیسم

جلسه سوم: طراحی پرایمر به منظور تکثیر قطعه ای از ژن مورد نظر برای انجام PCR معمولی و نیز RT-qPCR با کمک نرم افزار پرایمر-بلاست

جلسه چهارم: تمرین و رفع اشکال برای تکلیف مربوط به طراحی پرایمر

جلسه پنجم: آشنایی با ابزار بلاست نوکلوتید و نحوه تفسیر نتایج بلاست

جلسه ششم: کار کردن با ابزار بلاست پروتئین و تفسیر نتایج بلاست مربوطه

جلسه هفتم: بررسی نتیجه خوانش محصول PCR با کمک نرافزار کروماس و نیز ابزار بلاست

جلسه هشتم: استفاده از ابزار بلاست برای تعیین هویت باکتری مورد مطالعه (با کمک ژن 16S rRNA)

در بخش طرح درس برای هر کدام از جلسات هدف هم نوشته شده است.

ندارد

ارزیابی این درس شامل آزمون پایان ترم است که آن هم به صورت انجام تکلیف و پروژه کلی در قالب یک فایل پاورپوینت می باشد.

تدریس ترجیحا در سایت کامپیوتری انجام می شود و در غیراینصورت ارائه با کامپیوتر و ویدئو پروژکتور وصل به اینترنت خواهد بود و دانشجویان نیز با کامپیوتر شخصی در کلاس حاضر می شوند. در صورت نیاز از وایت برد نیز استفاده می شود.

15-20 دقیقه بررسی تکالیف جلسه قبل دانشجویان و رفع ایرادات و پاسخگویی به اشکالات آنها.

70-75 دقیقه ارائه درس جدید.

Bioinformatics and Functional Genomics 3rd Edition

by Jonathan Pevsner (Author)

مقالات in silico مربوط به طراحی واکسنهای نوترکیب

جلسه اول: معرفی علم بیوانفورماتیک، اهداف و پتانسیلها و نیز معرفی انواع پایگاههای داده

جلسه دوم: معرفی انواع واکسن به صورت اجمالی و تاکید و معرفی واکسنهای زیرواحدی پروتئینی، معرفی یک پاتوژن به عنوان نمونه برای ادامه کار طراحی، معرفی عوامل بیماریزای پاتوژن

جلسه سوم: معرفی پایگاه داده pdb و کار با آن و گرفتن گزارشات مربوط به عوامل بیماریزای پاتوژن نمونه از pdb

جلسه چهارم: معرفی انواع روش های مدل سازی پروتئین و تاکید بر روش هومولوژی مدلینگ و معرفی و کار با ابزار swiss-model

جلسه پنجم: معرفی الگوریتم DSSP برای مطالعه ساختار دوم پروتئینها و کار با آن و تخصیص ساختار دوم برای پروتئینها (عوامل) بیماریزای پاتوژن نمونه، معرفی انواع لینکرهای پپتیدی با استناد به مقالات

جلسه ششم: معرفی و کار با انواع سایتها و ابزارهای مربوطه برای بررسی و پیش گویی اپی توپهای خطی و غیرخطی عوامل بیماریزای پاتوژن نمونه و نیز ابزارها مورد نیاز برای ارزیابی اعتبار پروتئینهای پیشگویی شده

جلسه هفتم: معرفی ابزارها برای بررسی و پیشگویی میزان آنتی ژنتیسیته، حلالیت، در دسترس بودن، پایداری انرژی پروتئینهای پیشگویی شده

جلسه هشتم: مقایسه ساختار سه بعدی پروتئینهای پیشگویی شده و کایمر با ساختار طبیعی آنها که در پایگاه pdb در دسترس هستند و ارزیابی نتیجه طراحی واکسن نوترکیب و کایمر پروتئینی با کمک نرم افزارهای مربوطه

در این درس که به صورت مشترک با آقای دکتر بابایی ارائه می شود هدف از بخش مربوط به بنده آشنایی دانشجویان دکتری با پتانسیل های علم بیوانفورماتیک، ابزارها و روشهای آن جهت طراحی واکسن نوترکیب پروتئینی می باشد. در پایان انتظار می رود هر کدام از دانشجویان بتوانند با توجه به مطالب ارائه شده و مطالعه مقالات مرتبط برای عوامل پاتوژن ویروسی، باکتریایی یا قارچی واکسن مناسبی طراحی و آن را در شرایط in silico ارزیابی کنند.

مهندسی ژنتیک

آزمون این درس به صورت آزمون پایان ترم می باشد و فعالیت کلاسی دانشجویان و مشارکت در مباحث کلاسی در نمره نهایی آنها اعمال می گردد.

تدریس با کمک اسلایدها و ویدئوپروژکتور و با پرسش و پاسخ از دانشجویان انجام می شود.

5 دقیقه مرور بر درس جلسه قبل و پاسخ به سوالات احتمالی دانشجویان

5 دقیقه اشاره به عناوینی که در جلسه جاری مطرح خواهند شد.  

35 دقیقه طرح و ارائه درس جدید

10 دقیقه استراحت و حضور و غیاب دانشجویان

35 دقیقه ادامه تدریس

Modern Industrial Microbiology and Biotechnology 1st Edition (2007)

by Nduka Okafor (Author)

Basic and Applied Aspects of Biotechnology (2016)

by Varsha Gupta, Manjistha Sengupta, Jaya Prakash, Baishnab Charan Tripathy

جلسه اول: تعریف علم زیست فناوری و معرفی اجمالی حوزه های مختلف زیست فناوری (سبز، قرمز، آبی، خاکستری و...)

جلسه دوم: پرداختن به کاربردها و پتانسیلهای هر کدام از حوزه های زیست فناوری با آوردن مثال هایی برای هر کدام

جلسه سوم: معرفی اجزای یک واحد زیست فناوری صنعتی و ارائه توضیحات راجع به هر کدام از واحدها

جلسه چهارم: بحث در مورد ویژگی های میکروارگانیسمهایی که در زیست فناوری صنعتی بکار گرفته می شوند.

جلسه پنجم: معرفی متابولیتهای اولیه و ثانویه، ویژگی ها و نیز مثالهایی از هر کدام به عنوان محصولات زیست فناروی صنعتی

جلسه ششم: تولید صنعتی اسید سیتریک با کمک زیست فناوری (انواع روشها، میکروارگانیسمها و مواد خام کاربردی و فرآیند استخراج و تخلیص)

جلسه هفتم: تولید صنعتی پنی سیلین با کمک زیست فناوری (انواع روشها، میکروارگانیسمها و مواد خام کاربردی و فرآیند استخراج و تخلیص)

جلسه هشتم: معرفی آنتی بیوتیکهای ضد توموری، فرآیند کشف و تولید آنها در حوزه زیست فناوری پزشکی

این درس بصورت مشترک با آقای دکتر بنیادی تدریس می شود. در بخش مربوط به بنده تاکید بر زیست فناوری میکروبها می باشد. هدف این بخش آشنایی مجمل دانشجویان کارشناسی ارشد ژنتیک با حوزه های مختلف زیست فناوری بویژه زیست فناوری صنعتی است و در طی جلسات مثال هایی از فرآیند تولید محصولات زیست فناوری شامل اسید سیتریک (که بازار بزرگی دارد)، پنی سیلین و عوامل شیمی درمانی به عنوان آنتی بیوتیکهای ضد توموری آورده می شود.