برنامه درسی

Klipp, E., Liebermeister, W., Wierling, C. and Kowald, A., 2016. Systems biology: a textbook. John Wiley & Sons.

Hood, L., Rowen, L., Galas, D.J. and Aitchison, J.D., 2008. Systems biology at the Institute for Systems Biology. Briefings in functional genomics and proteomics, 7(4), pp.239-248.

جلسه اول: تعاریف و مقدمه ای بر بیولوژی سیستم ها

جلسه دوم: روش­های Omics  و کاربرد آها

جلسه سوم: پایگاههای اطلاعاتی مربوط به Omics

جلسه چهارم : بیوانفورماتیک و تجزیه و تحلیل داده های زیستی

جلسه پنجم: انواع سیستم های بیولوژیک و اجزای آنها در مقیاس اندازه و زمان

جلسه ششم: اکتساب داده های بیولوژیک و مدل سازی فرایند ها رفتارهای بیولوژیک

جلسه هفتم: انواع شبکه های زیستی از قبیل شبکه تنظیمی ژن، شبکه پروتئینی، شبکه متابولوم و توپولوژی آنها

جلسه هشتم: برهم کنش پروتئین ها، هم بیانی و هم تنظیمی

جلسه نهم: داده پایگاههای مرتبط با بیولوژی سیستم ها و مسیرهای بیولوژیک

جلسه دهم: فعالیت های آنزیماتیک و محاسبات مربوط به فعالیت کاتالیکی و تمایل اتصال به لیگند و ...

جلسه یازدهم: نمودار هیل و تعاملات مربود به آنزیمها و لیگندهای مربوزه در حالت تعادل

جلسه دوازدهم: مدل سازی و شبیه سازی

جلسه سیزدهم: انواع روشهای مدل سازی و فرمالیسم های مورد استفاده

جلسه چهاردهم: کاربرد روشهای مدلینگ در تجزیه و تحلیل شبکه های بیولوژیک

جلسه پانزدهم: مدل های موفق در فرایندهای زیستی و معرفی آنها

جلسه شانزدهم: معرفی داده پایگاهها و ابزارهای مدل سازی و آشنایی با آنها

Klipp, E., Liebermeister, W., Wierling, C. and Kowald, A., 2016. Systems biology: a textbook. John Wiley & Sons.

جلسه اول: تعاریف و مقدمه ای بر زیست شناسی سامانه ای 

جلسه دوم: روش­های Omics  و کاربرد آها

جلسه سوم: پایگاههای اطلاعاتی مربوط به Omics

جلسه چهارم : بیوانفورماتیک و تجزیه و تحلیل داده های زیستی

جلسه پنجم: انواع سیستم های بیولوژیک و اجزای آنها در مقیاس اندازه و زمان

جلسه ششم: اکتساب داده های بیولوژیک و مدل سازی فرایند ها رفتارهای بیولوژیک

جلسه هفتم: انواع شبکه های زیستی از قبیل شبکه تنظیمی ژن، شبکه پروتئینی، شبکه متابولوم و توپولوژی آنها

جلسه هشتم: برهم کنش پروتئین ها، هم بیانی و هم تنظیمی

جلسه نهم: داده پایگاههای مرتبط با بیولوژی سیستم ها و مسیرهای بیولوژیک

جلسه دهم: فعالیت های آنزیماتیک و محاسبات مربوط به فعالیت کاتالیکی و تمایل اتصال به لیگند و ...

جلسه یازدهم: نمودار هیل و تعاملات مربود به آنزیمها و لیگندهای مربوزه در حالت تعادل

جلسه دوازدهم: مدل سازی و شبیه سازی

جلسه سیزدهم: انواع روشهای مدل سازی و فرمالیسم های مورد استفاده

جلسه چهاردهم: کاربرد روشهای مدلینگ در تجزیه و تحلیل شبکه های بیولوژیک

جلسه پانزدهم: مدل های موفق در فرایندهای زیستی و معرفی آنها

جلسه شانزدهم: معرفی داده پایگاهها و ابزارهای مدل سازی و آشنایی با آنها

آمار و احتمالات

جلسه اول: مقدمه ای بر روشهای آماری مقدماتی

جلسه دوم: اصول تجزیه واریانس و انواع آن

جلسه سوم: تعاریف شامل، تعریف علم، آزمایش، تکرار، تیمار، واحد آزمایشی، خطای آزمایشی، ماده آزمایشی، طرح آزمایشی و انواع آن

جلسه چهارم : طرح کاملا تصادفی و روش اجرا و تجزیه داده ها

جلسه پنجم: طرح بلوکهای کامل تصادفی و روش اجرا و تجزیه داده ها

جلسه ششم: طرح مربع لاتین و روش اجرا و تجزیه داده ها

جلسه هفتم: مقایسه میانگین به روش­های LSD و دانکن

جلسه هشتم: مقایسه میانگین به روش­های توکی و دانت، شفه و ...

جلسه نهم: کرت گمشده و نحوه برآورد آن در طرح کاملا تصادفی و بلوکهای کامل تصادفی

جلسه دهم: سودمندی نسبی طرح RCBD نسبت به CRD و سودمندی نسبی طرح RCBD نسبت به LS

جلسه یازدهم: معرفی آزمایشات فاکتوریل و تجزیه واریانس کل به اجزای آن

جلسه دوازدهم: آزمایشات فاکتوریل 2n

جلسه سیزدهم: آزمایشات فاکتوریل غیر  2n

جلسه چهاردهم: تفکیک SS ها به عوامل خطی، درجه 2 و درجه 3

جلسه پانزدهم: آزمایشات اورتوگنال یا متعامد و نحوه انجام مقایسات

جلسه شانزدهم: طرح کرتهای خرد شده

جلسه اول: مقدمه ای بر تعاریف و ضرورت تحقیق و روش های تحقیق و انواع تحقیق

جلسه دوم: کاربرد اینترنت در دستیابی به منابع علمی و مقالات

جلسه سوم: آشنایی با موتورهای جستجوی علمی و عمومی و نحوه استفاده از آنها

جلسه چهارم : آشنایی با برخی از شاخصهای ارزیابی مقالات علمی و ژورنالها همچون ISI، JCR، ISC، شاخصH، وضریب تاثیر

جلسه پنجم: آشنایی به داده چایگاههای علمی در رابطه با کشاورزی همچون FAO، AGRIS، CAB و ...

جلسه ششم: آشنایی با برنامه های مدیریت رفرانس و آشنایی با برنامه Endnote 

جلسه هفتم: آشنایی با نمایه سازی مجلات و نحوه ارسال و چاپ مقالات

جلسه اول: مقدمه مبانی آمار و مروزی بر روش­های آمار توصیفی

جلسه دوم: انواع توزیع داده و کاربرد توزیع نرمال استاندارد t و z

جلسه سوم: آزمون های فرض- واریانس یکطرفه ، دوطرفه و ..

جلسه چهارم : مروری بر طرح های آزمایشی مهم در علوم زراعی

جلسه پنجم: روابط بین متغیر ها و همبستگی آنها

جلسه ششم: اصول و کلیات روش­های رگرسیونی (خطی و غیر خطی)

جلسه هفتم: رگرسیون خطی ساده و چندگانه، پروبیت

جلسه هشتم: تجزیه کلاستر و کاربرد آن

+ 8 جلسه کار عملی با نرم افزارهای تجزیه داده ها و تجزیه  آماری مانند SPSS و Excelو ...

جلسه اول: مقدمه ای بر بیوانفورماتیک و معرفی داده پایگاههای اولیه و ثانویه

جلسه دوم: انواع داده پایگاههای مهم توالی های نوکلئوتیدی و پروتئینی

جلسه سوم: آشنایی با مفهوم همردیفی کلی و موضعی برای توالی های نوکلئوتیدی و پروتئینی، آشنایی با نرم افزارهای مربوطه

جلسه چهارم :آشنایی با انواع  BLAST و الگوریتم های مربوطه، پارامترهای مرتبط با الگوریتم های همردیفی

جلسه پنجم : عوامل رونویسی، داده پایگاههای مرتبط و نحوه شناسایی آنها در ژنوم

جلسه ششم: اکتساب ژنوم و تجزیه و تحلیل های مربوط به ساختار ژن ها و پروتئین ها 

جلسه هفتم: الگوهای خانواده های پروتئینی و جستجوی پروفایل های HMM در پروتئوم گیاهان 

جلسه هشتم: داده پایگاههای مرتبط با مسیرهای بیولوژیک همچون KEGG، GEO و ..

جلسه نهم: اصول طراحی پرایمر

جلسه اول: آشنایی با نرم افزارهای آماری، اصول تعریف متغیرها و آنواع متغیر، نحوه ورود داده ها ، ویرایش داده ها و ..

جلسه دوم، اکتساب آماره های توصیفی داده ها و تست نرمال بودن داده ها و بررسی داده های پرت و ..

جلسه سوم: آزمون های فرض و انواع t-test و روشهای آنالیز آنها با نرم افزارهای آماری

جلسه چهارم :تجزیه همبستگی و رگرسیون ساده خطی

جلسه پنجم : انواع رگرسیون خطی و غیر خطی و محاسبه آماره های مرتبط

جلسه چهارم : رگرسیون چندگانه و روشهای تجزیه آن 1

جلسه پنجم: رگرسیون چندگانه و روشهای تجزیه آن 2

جلسه ششم: تجزیه کلاستر  

جلسه هفتم: پروبیت و نحوه محاسبه آن

جلسه هشتم: آشنایی با نرم افزار Excel و نحوه مدیریت داده ها و استفاده از انواع توابع ریاضی و آماری

جلسه نهم: جبر ماتنریس ها و محاسبات مربوطه

جلسه دهم: تبدیل داده ها و محاسبات جبری

جلسه یازدهم: معرفی انواع نمودار و رسم نمودارها با نرم افزار Excel و SPSS

جلسه دوازدهم: تجزیه واریانس به همراه کوواریت

جلسه سیزدهم: مروری بر فرض های تجزیه واریانس و تست فرض ها

جلسه چهاردهم: آمار غیر پارامتری و روشهای تجزیه داده های غیر نرمال

جلسه پانزدهم: تجزیه رگرسیون ریج

جلسه شانزدهم: تجزیه علیت

جلسه اول: اهمیت بذر و نحوه تشکیل بذر و اجزای آن

جلسه دوم: ژنتیک بذی و نحوه تشکیل آن و اساس ژنتیکی آن

جلسه سوم: مراحل تولید جنسی و غیر جنسی گیاهان

جلسه چهارم: نحوه اصلاح و تولید بذر اصلاح شده

جلسه پنجم :روشهای اصلاح بذر در گیاهان خودگشن و دگرگشن

جلسه ششم : تولید لاین خالص، جامعه آزاد گرده افشان، هیبرید و سنتتیک

جلسه هفتم : بذور هیبرید و اهمیت آنها و روش های تولید بذر هیبرید

جلسه هشتم : گواهی بذر و مالکیت معنوی اصلاحگر