برنامه درسی

آمار زیستی و مبانی زیست شناسی سلولی

Klug, W. S. and Cummings, M. R. (2011) Concepts of Genetics, 10^th Edition.

1. تاریخچه و چشم انداز ژنتیک
2. اصول ژنتیک مندلی، تجربیات مندل- آزمایشات مونو- دی و تری هیبرید
3. کشف دوباتره قوانین مندل- اساس کروموزومی وراثت
4. تقسیمات میوز و میتوز

4. بسط ژنتیک مندلی و استناهای آن
5. بارزیت و نهفتگی، هم بارزیت، بارزیت ناقص یا نسبی
6. اللهای ­های چندگانه و مفهوم پلی مورفیسم در ژنتیک مندلی، اللهای کشنده
7. صفات محدود به جنس و صفات تحت نفوذ ژن، وراثت وابسته به جنس
8. اثرات متقابل ژن­ها، تغییر نسبت­های مندلی: اپیستازی و نوترکیبی­ های جدید، آزمون تکمیل­ سازی، Imprinting
9. پیوستگی، کراسینگ اور و ترسیم ژنی
10. پیوستگی دو ژن در یک کروموزوم و تعیین فاصله بر پایه نوترکیبی میوزی
11. پیوستگی در سه یا چند ژن و تعیین فاصله آنها بر پایه نوترکیبی میوزی، نوترکیبی میتوزی و نوترکیبی بین کروماتیدهای خواهری
12.   روش­های نوین ترسیم نقشه ژنی و ترسیم نقشه فیزیکی
13. دورگ گیری سلول­های سوماتیک و جابجایی آنها
14. ژنتیک باکتری­ها و نوترکیبی از راه هم­یوغی، تراریختی (Transformation) و ترانسداکشن (Transduction) توسط فاژها
15. سیتوژنتیک، تهیه کاریوتیپ و واژه شناسی کروموزوم­ها، ناهنجاری­های کروموزومی،
16. ناهنجاری­های ساختاری
17. ناهنجاری­های شماره ­ای
18. پلی­ پلوئیدی، اتوپلی پلوئیدی، آلوپلی پلوئیدی و اندوپلی پلوئیدی
19. تعیین جنسیت و کروموزوم­های جنسی، تمایز جنسی و چرخه­های زندگی
20. کروموزوم­های جنسی، اهمیت آنها در وراثت وابسته به جنس و تعیین جنسیت، نقش کروموزوم Y در تعیین جنسیت نر
21. سندرم­های ترنر و کلاینفیلتر، سندرم­های XXX و XXY
22. جبران کمی ژن­های پیوسته به X جفت دار دروزوفیلا
23. تاثیر محیط بر تعیین جنسیت- مدا خزندگان
24. وراثت برون هسته­ای (وراثت اندامکی)

هدف از این درس آشنایی دانشجویان مقطع کارشناسی رشته سلولی و مولکولی با مبانی علم ژنتیک از جمله اصول مندل و قوانین مندلی، و پیوستگی و نوترکیبی صفات است.

همزمان با درس ژنتیک پایه

1. فرازمند، علی، علیزاده، ز، فاتحی، م. 1387.ژنتیک، راهنمای آزمایشگاه، انتشارات مرکز نشر دانشگاهی.
2. Hartel, L.D. and Jones, E.W. 2002, Genetics, Principle and Analysis
3. Martens, T.R., Hammersmith, R.L. 2001. Genetics: Labotaroty Investigations, 12^{th ed}, Prentics Hall
4. Klug, W.S., Cummings, M.R., Spencer, C.A. and Pollasino, M.A. 2013. Concepts in Genetics. 10^th edition
5. Strachan, T. and Read, A. 2013. Human Molecular Genetics, Three, 3^rd Edition

1. آشنایی با فنوتیپ مگس سرکه و تشخیص جنسیت آن بر مبنای ویژگی­های فنوتیپی
2. آمیزش دی هیبریدیسم (ژن­های پیوسته و مستقل) در مگس سرکه
3. بررسی نسل F1 آمیزش­های دی هیبریدیسم و انجام خودلقاحی و آزمون کراس
4. بررسی نسل F1 آمیزش وابسته به جنس و بررسی رابطه الل­ها با هم (بارزیت ناقص و هم بارزی)
5. بررسی نسل F2 آمیزش­های دی هیبریدیسم و آزمون مربع خی و تعیین فاصله دو ژن در حالت سیس و ترانس
6. بررسی و آنالیز کروکوزومی در انسان (کاریوتایپ) و تکنیک­های رنگ آمیزی و بررسی کاریوگرام در بیماری­های کروموزومی – بررسی اختلالات ساختاری و تعداد کروموزومی
7. رسم شجره نامه گروه خونی، محاسبه فرکانس الل­ها، بررسی و آنالیز تعادل هاردی-واینبرگ در جمعیت دانشجویی
8. مشاهده و بررسی مراحل مختلف تقسیم میوز

هدف از این درس آشنایی دانشجویان مقطع کارشناسی رشته سلولی و مولکولی با آزمایشهای مرتبط با مباحث ژنتیک پایه است.

ندارد

1. Hamilton, M.B. (2009) Population Genetics, Wiley, John & Sons.
2. Hamilton, R. (2004) Introduction to Population Genetics. Pearson/Prentile Hall, Upper Saddle River, N.J
3. Hedrick, P.W. (2011) Genetics of Population, Fourth Edition. Jones & Bartlett Publishers, MA.

1. مقدمه شامل مروری بر ژنتیک کلاسیک،
2. ژنتیک در جوامع طبیعی، روش­های مطالعه ژنتیک جمعیت، برخی مفاهیم مقدماتی آمار
3. تخمین میزان تنوع ژنتیکی: تخمین فراوانی الل و فراوانی ژنوتیپی، تعادل هاردی واینبرگ، درون آمیزی و فراوانی ژنوتیپی
4. اصول گزینش طبیعی: مغلوب، گزینش علیه الل­های مغلوب، الل­های بارز، بیش بارزیت، گزینش طبیعی مرتبط به فراوانی، گزینش مرتبط به تراکم
5. رانش ژنتیکی و اندازه موثر جمعیت، روش­های تخمین اندازه موثر، تنگنا و بنیان­گذار در جمعیت، اثر درون آمیزی بر اندازه موثر
6. ساخنار جمعیت و جریان ژنی: تعریف ساختار جمعیت، اندازه­ گیری جریان ژنی، شاخص تثبیت و تمایز ژنتیک،
7. استفاده از شاخص تثبیت برای تخمین بخش یندی جمعیت، اثر واهلوند (Wahlund)، مدل­های ساختار جمعیت، تعادل گزینش با مهاجرت

8.  جهش: منبع اولیه تنوع ژنتیکی، سرنوشت یک جهش جدید، جهش خنثی، مضر و پرفایده،

9. بار ژنتیک، پدیده Muller,s Ratchel، مدل­های جهش، اثر جهش بر روی فراوانی الل، تعادل جهش با گزینش، تخمین میزان جهش

10. ژنتیک جمعیت مولکولی: نظریه خنثی در تکامل مولکولی، نظریه تقریبا خنثی، سنجش میزان چند شکلی و واگرایی، ساعت مولکولی و کاربردها

11. روش­های آزمون نظریه خنثی، آزمون ایوان- واترسون، HKA، MK و Tajima, s D و نسبت Ka/Ks، شجره نامه ژنی و نظریه همگرایی (Coalescence) 

12. عدم تعادل گامتی و نوترکیبی: تعریف عدم تعادل گامتی، روش­های تخمین عدم تعادل گامتی

13. ، اثر جهش، درون آمیزی، رانش ژنتیک و جریان ژنی بر روی عدم تعادل گامتی، گزینش زمینه و یدکی، میزان نوترکیبی، فواید و مزایای نوترکیبی، اثر رابرتسون-هیل

14. تنوع و تکامل در صفات کمی: صفات کمی، اجزاء تنوع فنوتیپی، اندازه ­گیری تغییرات تکاملی در صفات کمی،

15. وراثت پذیری و اندازه­ گیری آن، پاسخ به گزینش، ژن­های موثر بر صفات کمی

16. شناسایی مکان ژنی صفات کمی با استفاده از شجره و تلاقی، نقشه یابی تک نشانگری و چند نشانگری، نقشه یابی با استفاده از عدم تعادل گامتی

زیست شناسی سلولی و مولکولی 1- ژنتیک مولکولی

1. Cambell, A.M. and Heyer, L.J. (2006) Discovering genomics, Proteomics, & bioinformatics. Pearson Higher Ed, USA.
2. Edwards, D. (2007) Plant Bioinformatics- Methods and Protocols. Human Press Inc.
3. 3. Edwards, D. and Batley, J. (2004) Plant bioinformatics: From genome to phenome. Trends in Biotechnology. Volume 22. Issue 5, p 232-237.
4. Jambeek, A.P., Gibas, C. (2001) Developing bioinformatics computer skills. O^, Reilly series.
5. Rhee, S.Y., Dickerson J, Xu D. (2006) Bioinformatics and its applications in plant biology. Annu Rev.

1. مقدمه­ ای بر درس، اهداف، تعاریف مقدماتی، ساختار درس
2. بانک­های اطلاعاتی، کاربردها
3. آشنایی با NCBI و نحوه استفاده از منابع مختلف آن، Entrez و Blast
4. استخراج اطلاعات مربوط به ژنوم و تحلیل آن: تعیین توالی DNA، پروژه ژنوم انسانی
5. بانک­های اطلاعاتی SNPها، GOG،STSها و ESTها
6. استخراج اطلاعات پروتئینی: تحلیل توالی پارامتریک، آشنایی با ابزارهای Expasy/Protscale 
7. پروتئومگان­شناسی (Proteomics)، ‌دیدارسازی (Visualization) ساختارهای پروتئینی و محاسبه ویژگی­های ساختاری آنها
8. بلوک­های پایه­ ای ساختاری (آمینواسیدها)، ساختار ثانوی، نیروهای رانش تاخوردگی، بن­مایه­ ها (Motifs) یا ساختارهای ابرثانویه، حوزه­ ها (Domains)
9. دیداری سازی مولکول­ها با VMD، ویرایش پرونده­ های بانک­های اطلاعاتی پروتئینی
10. پیشگویی ساختار پروتئینی و عملکرد با استفاده از توالی
11. تحلیل توالی­ها، ردیف خوانی دوتایی، کاوش در بانک­های اطلاعاتی،
12. ردیف خوانی کلی (Global Alignment)، پارامترهای ردیف خوانی توالی­ها (Gap penalty
13. ماتریس­های ارزش گذاری پروتئین)
14. مقدمه­ای بر ریزآرایه ­ها (Microarrays): مفاهیم تکنیک ریزآرایه
15. نرم افزارهای تحلیل ریزآرایه ­ها، مثال­های انتخابی
16. مروری بر تحلیل­های تبار زایشی (Pgylogenetic analysis)

آشنایی با مبانی بیوانفورماتیک و تحلیل داده های زیستی

ژنتیک مولکولی

1. Snustad, D.P. and Simmons, M.J. (2008) Principles of Genetics, 5^th Edition. Wiley.
2. Gilbert, S.F. (2010) Developmental Biology. 9^th Edition. Sinauer Associate, Inc.
3. Klug, W. S., Cummings, M. R., Spencer, C. A. and Pallasino, M.A. (2011) Concepts of Genetics, 10^th Edition. Benjamin cummings.

1. تولید DNA نوترکیب با استفاده از آنزیم­های محدود کننده یا برشی (استفاده از لینکرها، آنزیم­های ترمینال ترانسفراز و DNA لیگاز)
2. سیستم­های کلون سازی ژن (جداسازی DNA، اتصال به حامل و معرفی به سلول میزبان، شناسایی آن)
3. حامل­های کلون (پلاسمیدها، باکتریوفاژها، کازمیدها .......)، ناقل­های کلونینگ بر مبنای باکتریوفاژها، در گیاهان عالی، در سلول­های جانوری، بر مبنای پروتئین به کار رفته، ناقل­های شاتل
4. روش­های وارد کردن حامل­ها به اخل میزبان (ترانسفورماسیون، المتروپوریشن، تفنگ ذره­ای، پروتوپلاسمی
5. انتخاب کلون تغییر یافته، مقاومت به آنتی بیوتیک، پلیت­های همانند
6. انتخاب ژن (خزانه­های DNA و cDNA، سنتز شیمیایی، جستجوی ژن در خزانه­ها و جداسازی کلون از خزانه
7. حامل­های بیان ژن، کلیدهای تنظیمی در حامل­های بیان ژن
8. جهش در جایگاه خاص، محل استقرار ژن کلون شده
9. تعیین توالی DNA، روش سنگر- کولسون، روش ماکسام گیلبرت
10. استفاده از ژن کلون شده برای مطالعه ساختار ژنوم، استفاده از RFLP، انگشت نگاری ژنتیکی و رد پا  
11. واکنش زنجیره­ای پلیمراز، جزئیات PCR، جزییات PCR، طراحی آغازگرهای الیگونوکلئوتیدی برای PCR، تعیین درجه حرارت مناسب، کلون کردن فرآورده­های PCR
12. کاربردهای عملی مهندسی ژنتیک، تخمیر میکروبی، واکسن ویروسی
13. تولید پروتئین­های خاص، حیوانات و گیاهان تراریخته، تنظیم ژن، ژن درمانی
14. تولید پروتئین­ها و همرمون­های کاربردی، تولید انسولین، فاکتورهای انعقاد خون
15. فاکتور فعال کننده پلاسمینوژن بافتی، اریتروپوئیتین، اینترفرون­ها، اینترلوکین
16. محصولات GMO در بازار و ملاحظات اخلاقی و اجتماعی در استفاده از مهندسی ژنتیک

آشنایی دانشجویان با مبانی مهندسی ژنتیک و برخی از روشهای متداول این حوزه از علم جهت استفاده در پژوهش های احتمالی

ژنتیک مولکولی

1. Snustad, D.P. and Simmons, M.J. (2008) Principles of Genetics, 5^th Edition. Wiley.
2. Gilbert, S.F. (2010) Developmental Biology, 9^th Edition. Sinauer Associate, Inc.
3. Klug, W.S., Cummings, M.R., Spencer, C.A. and Palladino, M.A. (2011) Concepts of Genetics, 10^th Edition. Benjamin Cummings.

1. مبانی ژنتیک نمو
2. مرور مبانی ژنتیکی تکوین در برخی از مدل­های جانوری شامل مگس سرکه، Mouse، C. elegans، Amphioxus، Xenopus
3. مبانی ژنتیک سرطان
4. چرخه سلولی و سرطان
5. عوامل موثر در سرطان زایی انسان
6. ساختار و پایداری DNA (جهش ها و ترمیم ها)
7. تنظیم بیان ژن
8. پیام رسانی فاکتورهای رشد و انکوژن ها
9. مهار رشد و ژن های سرکوب کننده تومور
10. آپوپتوز
11. سلول های بنیادی و تمایز
12. متاستاز
13. مبانی ایمونوژنتیک
14. RNAهای غیر رمزگذار و نقش آنها در تنظیم بیان ژن­ها
15. مبانی ژنومیکس و سایر Omics
16. مبانی اپی ژنتیک

آشنایی با مباحث جدید و تکمیلی ژنتیک مولکولی

ندارد

1. Attwood, T.K., 1999. Introduction to bioinformatics, Longman.
2. Baxevanis, A.D., F.F.F. Ouellete, 2001, Bioinformatics: A practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Wiley-Interscience, New York.
3. Gu, J. Gu, 2009. Structural Bioinformatics, Wiley-Blackwell.
4. Higgs, P.G., 2005, Bioinformatics and Molecular Evolution, Blackwell Publishing.
5. Ignnacimuthu, S., 2013, Basic Bioinformatics, Alpha Science International Limited.
6. Lesk, A.M., 2014, Introduction to Bioinformatics, Oxford, New York.
7. Mount, D. W., 2004, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Gola Spring Harbor Laboratory Press, New York.
8. Tsai, C. S. 2007, Biomolecules Introduction to Structure, Function and Informatics, A John Wiley & Sons, Inc., Publication.

1. مقدمه و تاریخچه بیوانفورماتیک
2. آشنایی با سیستم عامل Linux
3. معرفی و آشنایی با پایگاه داده­ های زیستی
4. پایگاه داده NCBI
5. پایگاه داده EBI
6. پایگاه داده Swiss Prot
7. انطباق دوگانه توالی (Pairwise Alignment)
8. الگوریتمهای انطباق
9. ماتریس های امتیاز دهی آمینو اسید
10. انطباق چندگانه توالی (Multiple Alignment)
11. آنالیز فیلوژنتیک
12. پیشگویی ساختار و عملکرد پروتئین­ها
13. آنالیزهای ساختاری
14. داکینگ مولکول­های زیستی
15. پیشگویی ساختار دوم RNA
16. ارزیابی و تعیین ویژگی­های پروتئینی مانند جرم مولکولی، pH ایزوالکتریک، هیدروپاتی، تغییرات پس از ترجمه و ...

آشنایی با مبانی و اصول و برخی روش های کاربردی بیوانفورماتیک

ندارد

1. Brown, T.A., 2013, Gene Cloning and DNA Analysis: An introduction, Wiley- Blackwell.
2. Primose S. B. et al, 2013, Principles of Gene Manipulation and Genomics, Christophere Howe.
3. Sambrook J., and Russell D. W., 2006, Molecular Cloning (A Labotatory Manual), CSHL Press. 
4. Chauhan A., Varma A., 2009, A Textbook of Molecular Biotechnology.

1. مروری بر تاریخچه مهندسی ژنتیک
2. کلون سازی کلاسیک قطعات DNA
3. ساختمان و عملکرد PCR و Real-Time PCR
4. کاربردهای مختلف PCR در دست­ورزی DNA
5. اصول طراحی پرایمر و پروب
6. استخراج ژنوم سلول­های پروکاریوت و یوکاریوت (جانوری و گیاهی)
7. روش­های ارزیابی کمی و کیفی DNA و RNA
8. آشنایی با انواع وکتورهای پلاسمیدی
9. آشنایی با وکتورهای فاژی
10. آشنایی با وکتورهای یوکاریوتی
11. استخراج پلاسمید
12. آشنایی با انواع آنزیم­های مرتبط با مهندسی ژنتیک و کاربرد آن­ها
13. انواع روش­های انتقال DNA به سلول پروکاریوت و یوکاریوت
14. آشنایی با روش ایجاد انواع کتابخانه­ های ژنی، روش غربالگری و کاربرد آنها
15. آشنایی با تکنیک آرایه و کاربرد آنها (ریزآرایه، پروتئین اری و ....)
16. کاربردهای DNAی نوترکیب در علوم مختلف (کشاورزی، داروسازی، پزشکی و ....)

هدف از این درس آشنایی دانشجویان با ابزارهای مولکولی و آخرین تکنیک های مورد استفاده در دستورزی ماده ژنتیکی است.

ندارد

1. Edwards, D. (2007) Plant Bioinformatics- Methods and Protocols. Humana Press Inc.
2. Edwards, D. and Batley, J. (2004) Plant bioinformatics: from genome to phenome. Trends in Biotechnology, Volume 22, Issue 5, p 232-237, 1 May 2004.
3. Rhee, S. Y., Dickerson J, Xu D. (2006) Bioinformatics and its Applications in Plant Biology. Annu Rev Plant Biol. 2006, 57: 335-60.

1- مفاهیم و مبانی بیوانفورماتیک

2- آشنایی با پایگاه­های داده­  اولیه، ثانویه و اختصاصی

3- آشنایی با پایگاه های داده TAIR Database، GrainGenes

4- آشنایی با پایگاه های داده Gramene، MaizeGDB، BarleyBase/PLEXdb

5- آنالیز توالی نوکلئوتیدها

6- آنالیز توالی آمینواسیدها

7- سامانه بین المللی گیاهان زراعی (ICIS) برای مدیریت داده­های ژرم­ پلاسم

8- تحلیل داده­ های پیچیده مولکولی گیاهی از منابع متعدد

ندارد

1. آیت اللهی، س.م.ت. 1368. اصول و روش­های آمار زیستی، انتشارات امیر کبیر.
2. Fawler, J., l. Cohen and P. Jarvis (1998). Practical Statistics for field biology. John Wiley and Sons, Chichester.
3. Fry, J. C, (1993). Biological data analysis. A practica approach, IRL Press. Oxford.
4. Sokal, R. R. and F.J. Rohlf (1995) Biometry, Freeman, New York.

1. اهمیت آمار و محدودیت­های آن، مفاهیم نمونه ­برداری و اندازه­ گیری­ها
2. جدول فراوانی و فراوانی تجمعی، شاخص­های مرکزی شامل: میانگین (ریاضیْ هندسی و هارمونیک)
3. میانه، مد، ارتباط میانگین، میانه و مد، شاخص­های پراکندگی شامل : دامنه، انحراف معیار، واریانس و ضریب تغییرات
4. نمایش داده ­ها، نمودارهای نقطه­ای، خطی، ستونی، دایره­ای، هیستوگرام و پراکنش، مقدمه­ ای از احتمالات، توزیع­های دو جمله ­ای
5. توزیع ­های پواسن، دو جمله­ ای منفی، احتمال بحرانی
6. شاخص توزیع، انتخاب مدل پراکنش، مدل دو جمله ­ای، مدل پواسن، مدل دو جمله ­ای منفی
7. توزیع نرمال، توزیع نرمال استاندارد، یک دنباله و دو دنباله، نمونه­های کوچک: توزیع t
8.   بررسی نرمال بودن داده­ها و تبدیل داده­های غیر نرمال به نرمال
9. خطای نمونه­برداری، توزیع میانگین نمونه­ها، خطای معیار میانگین
10. حدود اطمینان میانگین یک نمونه، تفاوت بین دو میانگین، برآورد تعداد افراد جمعیت، برآورد شاخص تنوعات
11. اساس آزمون­های آماری، فرضیه­های تجربی و فرضیه­ های آماری، آزمون­های آماری یک دنباله و دو دنباله، خطای نوع یک و دو، آمار پارامتریک و ناپارامتریک، قدرت یک آزمون
12. آزمون همبستگی، ضریب همبستگی، ضریب تعیین و کاربرد همبستگی
13. مقدمه­ ای از رگرسیون، مدل­ها در رگرسیون، معادله رگرسیون خطی و آزمون آن
14. آزمون­های پارامتریک: آزمون F، آزمون Z، آزمون t، آنالیز واریانس
15. آزمون ناپارامتریک: آزمون مربع کای و موارد کاربرد و استفاده آن
16. آزمون­های من ویتنی، کروسکال والیس و کولموگروف-اسمیرنوف

هدف از این درس، آشنایی دانشجویان با اصول و مبانی آمار و استفاده از روش های آماری در تجزیه و تحلیل داده ها است.

Campbell A.M., Heyer, L.J. (2006). Discovering genomics, proteomics & bioinformatics. Pearson Higher
Ed, USA.
 Jean-Michel C., Cedric Notredame (2007). Bioinformatics for Dummies®, 2nd ed. (Latest edition),
Published by Wiley Publishing, Inc.
 Philip E. Bourne and Helge Weissig (2003). Structural Bioinformatics. John Wiley & Sons publication.
 

1- مقدمه ای بر درس، اهداف، تعاریف مقدماتی، ساختار درس

2- بانک های اطلاعاتی، کاربردها

3- تحلیل توالی ها، ردیف خوانی دوتایی، کاوش در بانک های اطلاعاتی،

4- ردیف خوانی کلی(Global alignment) ، و محلی توالی­ها (Local alignment)

5- انواع مدلهای مولکولی و مدلسازی مولکول های زیستی و مقدمه ای بر الگوریتم های بیوانفورماتیک

6- پارامترهای ردیف خوانی توالیهاGap penalty) و ماتریسهای ارزش گذاری پروتئین­ها(

7- آشنایی با NCBI و نحوه استفاده از منابع مختلف آن،  Entrezو Blast
8- استخراج اطلاعات مربوط به ژنوم و تحلیل آن: تعیین توالی ،DNAپروژه ژنوم انسانی، بانکهای اطلاعاتی SNPها، ،GOGهاEST ها، وSTS
9- استخراج اطلاعات پروتئینی: تحلیل توالی پارامتریک، آشنایی با ابزارهای Expasy/Protscale و PSI-Blast ،EBI/SignalP
10- Proteomics، Visualizationساختارهای پروتئینی و محاسبه ویژگی های ساختاری آنها

11- بلوک های پایه ای ساختاری (آمینواسیدها،) ساختار ثانوی، نیروهای رانش تاخوردگی، Motifs، Domains، دیداری سازی مولکول ها با VMD، ویرایش پرونده های بانک های اطلاعاتی پروتئینی
12- پیشگویی ساختار پروتئینی و عملکرد با استفاده از توالی: بیوانفورماتیک ساختاری، فرضیه ترمودینامیکی آنفینسن، ارزیابی EVA  وCASP، Homology modeling  
13- مقدمه ای بر Microarrays) :مفاهیم تکنیک ریزآرایه، نرم افزارهای تحلیل ریزآرایه ها، مثالهای انتخابی
14- مروری بر تحلیل های تبارزایشی) Phylogenetic analysis(
15- بررسی نیروهای پیش برنده در مدلسازی مولکولی و انواع Force-Fields
16- شبیه سازی دینامیک مولکولی (Simulation of Molecular Dynamic)  

هدف کلی این درس، آشنایی دانشجویان دوره کارشناسی علوم سلولی و مولکولی با روشهای تحلیل و استنباط از اطلاعات
زیستشناسی مولکولی به ویژه اطلاعات مربوط به ژنومیکس و پروتئومیکس و مدیریت آنها را در ارائه مدلهای مولکولی است که به واقعیت نزدیک باشد تا درک بهتری از دنیای مولکولی ایجاد شود

Campbell, A.M. Heyer, L.J. (2006). Discovering genomics, proteomics, & bioinformatics. Pearson Higher
Ed, USA.
Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame (2007). Bioinformatics for Dummies®, 2nd eds (Latest
edition). Wiley Publishing, Inc.
 Philip E. Bourne and Helge Weissig (2003). Structural bioinformatics. John Wiley & Sons publication
 

1- مقدمه ای بر درس، اهداف، تعاریف مقدماتی، ساختار درس، بانکهای اطلاعاتی، کاربردها
2- ورود به پایگاه داده NCBIو نحوه استفاده از منابع مختلف آن، Entrezو Blast
3- کار با Gene bankو بانک های اطلاعاتی SNPها، STS ،GOGها، و ESTها
4- کار با پایگاه داده PDB و آشنایی با نرم افزارهای PDB PSI-Blast ،EBI/SignalP وExpasy/Protscale  

5- ردیف خوانی کلی (Global alignment)، پارامترهای ردیف خوانی توالیها (Gap penaltyماتریس های ارزش گذاری پروتئین)
6- کار با نرم افزارهای نمایش مولکولی به عنوان مثال VMDو بررسی ساختارهای پروتئینی و Motifs و Domains و مدل سازی همساخت (Homology modeling)
7- مدل سازی مولکولی با Hyper chem و بررسی پارامترهای دخیل در شبیه سازی مولکولی
8- کار با نرم افزار گرومکس بطور مقدماتی و بررسی مقدماتی پارامترهای حاصل از شبیه سازی مولکولی
 

هدف این درس، آشنا شدن دانشجویان دوره کارشناسی زیست شناسی سلولی و مولکولی با روشهای تحلیل و استنباط از اطلاعات و داده های ژنومیکس و پروتئومیکس، از طریق بانک های اطلاعاتی و نیز پردازش فرضیه ها، آزمون آنها و ارائه فرضیه های جدید است. از طرفی با استفاده از پایگاه ها و نرم افزارهای شبیه سازی مولکولی، آمادگی لازم جهت رسیدن به مدل های مولکولی واقعی را تمرین می کنند