برنامه درسی

کتاب میکروبیولوژی براک، انتشارات خانه زیست شناسی، ترجمه دکتر غلامرضا زرینی

جلسه اول- رشد میکروبی: رشد سلولی و تقسیم دوتایی، عوامل تعیین کننده ی شکل سلول، سنتز پپتیدوگلیکان و روش های تقسیم سلولی

جلسه دوم- منحنی رشد میکروبی، مفهوم رشد نمایی، محاسبات ریاضی تخمین  رشد میکروبی، کشت پیوسته و بچ کالچر  

جلسه سوم-اندازه گیری رشد میکروبی با رو شهاس  شمارش میکروسکپی، شمارش سلولهای زنده، روشهای کدورت سنجی

جلسه چهارم- اثرات دما، pH، فشار اسمزی و اکسیژن بر رشد میکروبی، سازگاری های ساختاری و مولکولی میکروبها در محیط های افراطی سردو گرم، اسیدی، بازی، و با فشار اسمزی بالا و خشک

جلسه پنجم-کنترل رشد میکروبی:  روش های فیزیکی کنترل رشد میکروبها (با استفاده از حرارت، تابش، فیلتراسیون)

جلسه ششم-کنترل ضد میکروبی شیمیایی شامل استفاده از  ضدعفونی کننده ها، استریل کننده ها وگندزداهای شیمیایی

جلسه هفتم:کنترل رشد میکروبها در بدن با آنتی بیوتیکها، تاریخچه شناسایی آنتی بیوتیکها، طبقه بندی آنتی بیوتیکها، رخداد مقاومت به آنتی بیوتیکها، رویکردهای جدید در جهت توسعه و شناسایی ترکیبات ضدمیکروبی

جلسه هشتم: ژنتیک پروکاریوت ها، کروموزوم و انواع پلاسمیدها،  انتقال افقی ژن  در باکتری ها

-تنظیم عناوین مباحث برای جلسات، منطبق بر سرفصل های ارائه شده توسط وزارتخانه

-زمانبندی برای امکان ارائه تمامی مباحث موردنیاز برای سرفصل مربوطه

کتاب میکروب شناسی پزشکی مورای

کتاب میکروب شناسی پزشکی جاوتز

کتاب  میکروبیولوژی زینسر

مباحث ذیل شامل طبقه بندی، فاکتورهای ویرولانس و بیماری های حاصل از جنس و گونه باکتری مورد بحث به همراه روش های تشخیص-درمان و پیشگیری از ابتلا

جلسه 1و 2: کوکوس های گرم مثبت، استافیلوکوکها

جلسه 3و 4: کوکوس های گرم مثبت: استرپتوکوکها

جلسه 5 :نایسریا گونوره آ و نایسریا مننژیتیدیس

جلسه 6: کمپیلوباکترها

جلسه 7: هلیکوباکتر پیلوری

جلسه 8: مایکوباکتریوم ها

تنظیم عناوین مباحث برای جلسات، منطبق بر سرفصل های ارائه شده توسط وزارتخانه

-زمانبندی برای امکان ارائه تمامی مباحث موردنیاز برای سرفصل مربوطه

The Comprehensive Sourcebook of Bacterial Protein Toxins 4th ed., edited by Joseph Alouf, Daniel Ladant, Michel R. Popoff, 2015

جلسه1:مقدمه در مورد جایگاه سموم میکروبی در بین فاکتورهای ویرولانس مهم میکروبها و نقش آنها در سیکل زندگی میکروبها و  بیماریزایی آنها

جلسه2: نحوه رهاسازی توکسین ها و رسیدن آنها به سلول و مولکول هدف

جلسه3: طبقه بندی توکسین ها

جلسه4: سوپر آنتی ژن ها

جلسه5: بیماریهای مرتبط با سوپر آنتی ژن ها

جلسه6: توکسین های آسیب زننده به غشا

جلسه7: توکسین های مهار کننده پروتئین سازی (توکسین دیفتری، اگزوتوکسین سودومودوناس ائروجینوزا و شیگاتوکسین)

جلسه8: معرفی توکسین های مهار کننده مسیرهای پیام رسانی

جلسه9: توکسین وبا و توکسین LT

جلسه10: توکسین های آنتراکس و پرتوسیس

جلسه11: توکسین های گیکوزیله کننده کلیستریدیال بزرگ

جلسه12: توکسین های تغییر دهنده رشته های اکتین

جلسه13: نوروتوکسین های کلستریدیومی

جلسه14: ژنوتوکسینها

جلسه15: اندوتوکسین ها

جلسه16:استفاده از توکسین ها در زیست شناسی، درمان و تولید واکسن

-تنظیم عناوین مباحث برای جلسات، منطبق بر سرفصل های ارائه شده توسط وزارتخانه

-زمانبندی برای امکان ارائه تمامی مباحث موردنیاز برای سرفصل مربوطه

Antibacterial agents: chemistry, mode of action, mechanisms of resistance and clinical applications: Anderson R, Groundwater PW, Todd A, Worsley A -John Wiley & Sons; 2012

Antibiotics: Actions, origins, resistance, by C. Walsh. 2003. Washington, DC: ASM Press

جلسه1: مقدمه، تاریخچه کشف آنتی بیوتکیها

جلسه2: دسته بندی انتی بیوتیکها

جلسه3: معرفی مراحل سنتز دیواره در باکتری ها و آنتی بیوتیک های مهار کننده سنتز دیواره

جلسه 4: بتالاکتامها (پنی سیلین ها)

جلسه5: بتالاکتامها (سفالوسپورین ها)

جلسه6: بتالاکتامها (کارباپنم ها و مونوباکتامها)

جلسه7: گلیکوپپتیدها (ونکومایسین و تیکوپلانین) و لیپوگلیکوپپتیدها

جلسه8: فسفومایسین، باسیتراسین و سیکلوسرین

جلسه9:  معرفی  مراحل سنتز پروتئین در باکتری ها و آنتی بیوتکیهای موثر بر پروتئین سازی -آمینوگلیکوزیدها

جلسه10: تتراسیکلین ها و ماکرولیدها

جلسه11: اگزازولیدینونها و فنیکل ها

جلسه12: معرفی آنتی بیوتیکهای موثر بر سنتز اسیدنوکلئیک ( کوئینولون هاو ریفامپین)

جلسه13: معرفی آنتی بیوتیکهای مهار کننده سنتز اسیدفولیک (سولفونامیدها و تری متوپریم)

جلسه14: معرفی آنتی بیوتیکهای موثر بر غشا (پلی میکسین ها، داپتومایسین و گزامیسیدین ها)

جلسه15: معرفی روش های رایج مقاومت باکتری ها به آنتی بیوتیکها  

جلسه16:آنتی بیوتیک های جدید در حال توسعه نظیر سفیدروکول و مهار کنند های نسل جدید بتالاکتاماز ها و پمپهای افلاکس

1.کتاب ویروس شناسی فیلدز(Fields-virology)

2. virology: Principles and Application’ John Carter and Venetia Saunders

جلسه 1:اجزای ساختاری ویروس -نقش و تقارن کپسید

جلسه 2: اجزای ساختاری ویروس-غشای چربی و پپلومرها

جلسه 3: ساختار و پیچیدگی های ژنوم ویروسی

جلسه 4:اتصال ویروس و ورود ویروس به سلول میزبان

جلسه 5:سازو کارهای همانندسازی و رونویسی ژنوم ویروس ها

جلسه 6:سازو کارهای خود تجمعی، بلوغ ویروس ها و خروج ویروسهای برهنه و پوشینه دار از میزبان

معرفی ساختار ویروس، اعضای خانواده ویروسی، سیکل زندگی ویروس، بیمارهای این خانواده، اپیدمیولوژی، تشخیص و درمان و پیشگیری در جلسات مختلف بشرح زیر:

جلسه 7:پاپیلوماویروس ها

جلسه 8:هرپس ویریده

جلسه 9:پیکورناویریده

جلسه 10و 11:پارامیکسوویریده

جلسه 12 و 13:رتروویریده

جلسه  14و15:هپادناویریده

جلسه16: مکانیسم های بیماریزایی و تکامل ویروس ها

-تنظیم عناوین مباحث برای جلسات، منطبق بر سرفصل های ارائه شده توسط وزارتخانه

-زمانبندی برای امکان ارائه تمامی مباحث موردنیاز برای سرفصل مربوطه

ایمونولوژی سلولی و مولکولی ابوالعباس

جلسه 1: آشنایی با سلول و عملکردهای های سیستم ایمنی ذاتی و اختصاصی

جلسه 2:سلول های سیستم ایمنی ذاتی: فاگوسیتها، معرفی مکانیسم های میکروب کشی نوتروفیل ها و ماکروفاژها

جلسه 3: عرضه کنندگان آنتی ژن و نقش کامل سلول های دندریتیک، یاداوری مسیرهای مختلف عرضه آنتی ژن با ذکر تمام جزئیات و مولکولهای درگیر در مسیر

جلسه 4:نقش سلول های کشنده طبیعی و تنظیم عملکرد آنها توسط گیرنده های فعال کننده و مهاری

جلسه 5: شناسایی میکروب ها در سیستم ایمنی ذاتی توسط گیرنده های شناسایی الگو Pattern recognition receptors

جلسه 6: Toll-like receptors (TLR)، C-type lectin receptors (CLR),

جلسه 7: RIG-like receptors (RLR) ;N-formyl peptide receptors

جلسه 8: NOD-like receptors (NLR); Cytosolic DNA sensors(CDS)

جلسه 9:معرفی انواع سایتوکاین ها و نقش آنها درتنظیم پاسخ های ایمنی ;اینترفرون ها

جلسه 10: اینترلوکین ها ، کموکاین ها، خانواده مولکول های چسبنده، اینتگرین ها و سلکتین ها

جلسه 11:ژنتیک ایمونوگلوبولین ها

جلسه 12: نقش سلول های بی و آنتی بادی ها در پاسخ های ایمنی

جلسه 13: انواع شاخص ها و گیرنده های  سلول های تی ، سیگنالینگ و فعال شدن لنفوسیت های تی

جلسه 14 : نقش لنفوسیتهای Tدر پاسخ های ایمنی: لنفوسیتهای TH1, TH2, TH17

جلسه 15: پاسخ های سیستم ایمنی ذاتی و اختصاصی در مقابل باکتری های خارج سلولی  و قارچ ها،  راهکارهای فرار آنها از سازو کارهای ایمنی

جلسه 16: پاسخ های سیستم ایمنی ذاتی و اختصاصی در مقابل باکتری های داخل سلولی و ویروس ها و راهکارهای فرار آنها از سازو کارهای ایمنی

-تنظیم عناوین مباحث برای جلسات، منطبق بر سرفصل های ارائه شده توسط وزارتخانه

-زمانبندی برای امکان ارائه تمامی مباحث موردنیاز برای سرفصل مربوطه

Advanced Techniques in Diagnostic Microbiology: Yi-Wei Tang, Charles W. Stratton; springer

Current protocols in microbiology; Richard Coico; Wiley InterScience

جلسه1:اصول تکنیک های رنگ آمیزی در میکروبیولوژی و متغییرها

جلسه2: معرفی  روش های مختلف شناسایی میکروب ها (ژنوتیپی، پروتئوتیپی و فنوتیپی)

جلسه3: سیستم های شناسایی میکروبی سنتی

جلسه4:سیستم های شناسایی میکروبی تجاریAPI system; BBL crystal Systems; BBL Phoenix system ,Vitek

جلسه5و 6 :طیف سنجی جرمی و کاربرد آنها در تشخیص باکتری ها

جلسه7: معرفی تکنیک های ژنوتایپینگ باکتری ها و کاربرد آنها در میکربیولوژی

جلسه 8و9: روش های ژنوتایپینگ مبتنی DNA banding pattern شاملPFGE, RFLP, RAPD-PCR, REP-PCR, DGGE, PCR-RFLP

جلسه 10:روش های ژنوتایپینگ مبتنی بر تعیین توالی(MLST;Spa typing و تعیین توالی کل ژنوم ) و تکنیک های مبتنی برهیبریداسیون (DNA Microarray; DNA maroarray)

جلسه 11: آشنایی با روش های مختلف استخراج اسیدنوکلئیک از باکتری ها و بررسی کیفیت و کمیت اسیدنوکلئیک استخراج شده

جلسه 12:آشنایی با PCR ، PCR چندگانه ، الکتروفوز و اصول طراحی پرایمر

جلسه 13:معرفیreal-time PCR    و  کاربرد های آن در شاخه های مختلف میکروبیولوژی

جلسه 14: بررسی بیان ژن در باکتریها با روش RT-qPCR

جلسه 15:روش های تعیین حساسیت به ترکیبات ضدمیکروبی

جلسه16: تکنیک های اماده سازی نمونه های میکروبی برای میکروسکوپ الکترونی

آشنایی با روش ها، دستگاه ها، کیت های تشخیصی و دیتابیس های رایج مورد استفاده در میکروبیولوژی