برنامه درسی

1. حضور مرتب، رعایت مقررات آموزشی و حسن اخلاق
2. مشارکت فعال در مباحث گروهی، حل تکالیف، و تمرینات کلاس
3. آزمون کتبی میان ترم و انتهایی دوره
4. سمینار( فارسی، انگلیسی)
5. حضور مرتب در بخشهای عملی
6. تهیه گزارش کار

متد آموزشی: سخنرانی، مباحثه  Brain  Storming ، سرچ و ارائه مداوم تکلیف کلاسی، پرشش و پاسخ، گزارش مرتب کار، بازدید علمی از آزمایشگاهها و مراکز مرتبط

علی اصغر صادقی، پروین شورنگ، احمد زارع شحنه.  1387بیوتکنولوزی در علوم دامی. انتشارات  اییژ

L. Lins, B. Charloteaux, A. Thomas, R. Brasseur (auth.), R. Renaville, A. Burny (eds.).Biotechnology in Animal Husbandry.Springer Netherlands

J S Sim, S Nakai, W Guenter.1999. Egg Nutrition and Biotechnology. CABI

Yoshinori Mine. Egg Bioscience and Biotechnology. Wiley-Interscience

جلسه اول    
کلیات و نیازهای غذایی دنیا در 10 سال اتی، ابداع واژه بیوتکنولوژی، تاریخچه بیوتکنولوژی، استفاده از بیوتکنولوژی در جنگ جهانی، درآمدزایی بیوتکنولوژی، درآمد ملی، رشد بخش کشاورزی، اصول اقتصاد تولید در کشاورزی، تجارت بین الملل محصولات کشاورزی، عرصه محصولات کشاورزی و عوامل موثر بر آن، تقاضا برای محصولات کشاورزی و عوامل موثر بر آن، عرصه محصولات بیوتکنولوژیکی و عوامل موثر بر آن، توزیع محصولات کشاورزی و محصولات بیوتکنولوژیکی (بازاریابی، بازاررسانی، کاربرد تکنولوژی کشاورزی(مروری بر تاریخچه بیوتکنولوژی در دنیا، چهره های برتر بیوتکنولوژی دنیا و ایران. کاربردهای بیوتکنولوژی در صنایع مختلف: صنایع آبمیوه و کنسانتره، صنایع لبنی، صنایع نوشابه، صنعت نان،  صنعت ساختمان، صنعت سوخت، صنعت گوشت، صنعت تولیدات شیمیایی، صنعت فرآوری ضایعات و تولید کمپوست، بیوسنسورها و تشخیص مولکولی آلاینده ها، تجزیه زیستی آلاینده ها، کودهای بیولوژیک، آفت کشهای بیولوژیک.

جلسه دوم        
کاربردهای عملی و سود اور بیوتکنولوژی در علوم مختلف، اولویتهای بیوتکنولوژی و محورهای تحقیقاتی در کشاورزی و دامپروری، عرصه های بیوتکنولوژی به طور خاص در علوم دامی،، بیوتکنولوژی و تقیسم بندی تفصیلی آن در رشته علوم دامی- کاربرد بیوتکنولوژی جانوری در افزایش کیفیت و کمیت شیر و گوشت و اصلاح دام، تکنولوژی تولید آنتی بادی مونوکلونال و کاربرد آن در تشخیص بیماریهای دام، تولید هورمون های رشد و پروتئین های نوترکیب، دارو و واکسن در کشت سلول های جانوری، بیوتکنولوژی آبزیان، توضیح کامل مرحله به مرحله ای مثالهایی از پروژه های انجام شده موفق در زمینه بیوتکنولوژی جانوری.

جلسه سوم        
کاربردهای بیوتکنولوژی در فیزیولوژی دام، تلقیح مصنوعی، انجماد اسپرم، لقاح خارج رحمی، همزمان سازی فحلی، تعییر سیکل فحلی با استفاده از هورمونهای فتوپریودیسم، تشخیص جنسیت اسپرم و جنین، تزریق  اسید امینه به تخم مرغ نطفه دار، کلونینگ، استفاده از گیاهان داروئی در بحث ایمنی و انتی اکسیدان اسپرم

جلسه چهارم        
کاربردهای بیوتکنولوژی در تغذیه دام ،  ژنومیک تغذیه ای، یونوفرها، پروبیوتیکها، باندینگ توکسینها، بیوتکنولوژی شکمبه، مخمرها، پری بیوتیکها، محرکهای سیستم ایمنی، پروتئینهای عبوری و واکنش صابونی شدن، جدا سازی باکتری از موریانه در غنی سازی کاه، متابولیک مدیفایرها و اهمیت، تاریخچه تولید مواد غذایی از طریق بیوتکنولوژی، اصول تکنولوژی آنزیمی، استفاده از آنزیمها در صنایع نان، تخمیری و لبنی، اصول تکنولوژی تخمیر، بهینه سازی رشد و تولید انبوه میکروبی، تولید پروتئین های تک سلولی (Single Cell Protein)، تولید متابولیت های اولیه، تولید متابولیت های ثانویه، تولید پلی ساکاریدهای میکروبی، تولید پروتئین های میکروبی، تولید پروتئینهای نوترکیب، تولید داروها و واکسنهای نوترکیب، تولید اسیدهای آلی، تولید مواد غذایی دستورزی شده (GMO)، تجاری کردن محصولات GMO، استفاده از روش های مولکولی برای تشخیص فراوارده های GMO. مقدمه، تاریخچه استفاده از گیاهان دارویی در ایران و جهان، اهمیت اقتصادی و پرورش گیاهان دارویی، طبقه بندی گیاهان دارویی بر اساس نیاز اکولوژیکی، طبقه بندی مواد موثره گیاهان دارویی، مبانی فیتوتراپی، بیوترانسفورماسیون، ازدیاد درون شیشه ای گیاهان دارویی، تولید متابولیت های ثانویه، باکتریوسین

جلسه پنجم        
کاربردهای بیوتکنولوژی در بیماریهای شناسی دام و طیور ،  شناسایی عوامل بیماریزا با استفاده از فناوریهای نوین، معرفی صفات استانه ای، موانع موجود در بهبود سلامتی دام و طیور، شناسایی بیماریهای ارثی در گاو و گوسفند و بز و اسب و نحوه حذف انها، 

جلسه ششم        
کاربردهای بیوتکنولوژی در شناسایی تقلبات در فراوردهای دامی مورد عرضه به بازار، بحث تقلبات در گونه شیر، پنیر، محصولات حلال و حرام، گوشت، خاویار و غیره

جلسه هفتم        
کاربردهای بیوتکنولوژی در اصلاح نژاد و ژنتیک: تولید لاینهای مقاوم و پرتولید در طیور، نشانگرهای مولکولی، دیدگاههای ژنومیک و اسنیپ چیپ، روشهای حفاظت ژنتیکی دامهای بومی ایران

جلسه هشتم        
روشهای کشت سلول، روشهای انتقال ژن، سلولهای بنیادی، بحث توتی پوتنسی، متدهای آزمایشگاهی،
کاربردهای کشت سلول، کشت بافت و سلول جانوری (تاریخچه، امکانات مورد نیاز آزمایشگاهی، محیط ها و روش های کشت، جداسازی سلول، تهیه لاین های سلولی، نحوه رشد و متابولیسم سلولی، نگهداری ژرم پلاسم جانوری، سلولهای بنیادی)، روشهای انتقال ژن به سلولهای جانوری، پلاسمیدهای مورد استفاده  در این خصوص، تولید دام های تراریخت (مقدمه، روش های انتقال ژن، انتقال تخم و جنین، تلقیح آزمایشگاهی و انتقال به دام)، کاربرد بیوتکنولوژی جانوری در افزایش کیفیت و کمیت شیر و گوشت و اصلاح دام، تکنولوژی تولید آنتی بادی مونوکلونال و کاربرد آن در تشخیص بیماریهای دام، تولید هورمون های رشد و پروتئین های نوترکیب، دارو و واکسن در کشت سلول های جانوری، بیوتکنولوژی آبزیان

جلسه نهم        
کاربردهای نانوتکنولوژی در کشاورزی و علوم دامی، استفاده از نانوشلها و نانوپارتیکلها در  داروهای دامی، استفاده از نانوتکنولوژی در درمان ورم پستان، استفاده از جاذبهای امونیاک بستر در سالنهای بزرگ پرورش طیور

جلسه دهم        
اشنایی با تکنیکهای استخراج ژنوم و اساس تکنیکهای  pcr، Real time pcr، میکرواری و  اسنیپ چیپ

جلسه یازدهم        
مقدمه و تاریخچه، آشنائی با وسائل آزمایشگاهی و نحوه کار با آنها (آون، اتوکلاو، لامینار ایرفلو، لوازم اندازه گیری)، آشنائی با محلول های فیزیولوژیکی و نحوه تهیه بافرها، آشنائی با روش ها و دستگاه های کار با پروتئین ها و آنزیم ها،  اصول سانتریفیوژ و آشنائی با انواع آنها، اصول اسپکتروفتومتری و آشنائی با انواع آنها، آشنائی با الکتروفورزهای پروتئین و اسید های نوکلئیک، اصول کروماتوگرافی و انواع آن (TLC، HPLC و ...)، روشهای استخراج و خالص سازی اسید نوکلئیکها، پروتئین ها و آنزیم ها.

جلسه دوازدهم        
تعریف و ساختار بانک اطلاعاتی (Database)، انواع بانک های اطلاعاتی، روش جستجوی مقالات علمی، توالی پروتئین ها و DNA، توضیح کامل نرم افزارهای کاربردی برای تهیه مقاله، گزارش کار، پوستر و ارائه سمینار (Power point، Photo shop، Word، Excel و غیره)، معرفی نرم افزارهای مقدماتی برای محاسبه ویژگی های پروتئین و DNA، آشنائی با نرم افزارهای تجزیه و تحلیل روابط ژنتیکی و آماری، آشنائی با نرم افزارهای رویت ساختارهای پروتئینی

جلسه سیزدهم        
سمینارهای گروهی در مورد مباحث بیوتکنولوژی. یکی از موضوعات بیوتکنولوژی کشاورزی یک مطالعه آزمایشگاهی یا کتابخانه ای در زمینه های بیوتکنولوژی در یک آزمایشگاه معتبر در دانشگاه یا یک موسسه تحقیقاتی مربوطه انجام داده و پس از تنظیم گزارش نهایی، نتایج را به صورت سمینار ارائه نماید

جلسه چهاردهم        
سمینارهای گروهی در مورد مباحث بیوتکنولوژی

جلسه پانزدهم        
بازدید از پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی شمالغرب و غرب کشور

جلسه شانزدهم        
بازدید آزمایشگاه اصلاح نباتات مولکولی دانشکده- موزه ذخائر ژنتیکی اداره حفاظت محیط زیست
 

هدف کلی درس:

آشنایی با مفاهیم اولیه و تعاریف بیوتکنولوژی، تاریخچه و افراد تاثیرگذار جهان و ایران، کاربردهای بیوتکنولوژی در علوم مختلف، کاربردهای بیوتکنولوژی در علوم کشاورزی، کاربردهای بیوتکنولوژی به طور خاص در دامپروری، آشنایی با جزئیات تکنیکهای آزمایشگاهی، دیدگاههای نوین، دستاوردهای عملی، ریسکهای موجود در موجودات تراریخت، نانوتکنولوژی و سیستم بیولوژی، دیدگاههای Omics، آینده علم بیوتکنولوژی. . ترویج و تعمیق بیوتکنولوژی کشاورزی در جامعه بشری که یکی از رشته های با تکنولوژی جدید و مدرن مییاشد و همچنین تعلیم و تربیت نیروی کارشناس متخصص مورد نیاز مراکز تولیدی، خدماتی و تحقیقاتی کشاورزی از اهداف عمده برگزاری این کلاس میباشد.

1. حضور مرتب، رعایت مقررات آموزشی و حسن اخلاق
2. مشارکت فعال در مباحث گروهی، حل تکالیف، و تمرینات کلاس
3. آزمون کتبی میان ترم و انتهایی دوره
4. سمینار( فارسی، انگلیسی)
5. حضور مرتب در بخشهای عملی
6. تهیه گزارش کار

• • • یک جلسه غیبت غیر موجه قابل بخشش ·
• دو جلسه غیبت غیر موجه کسر 1 نمره ·
• سه جلسه غیبت غیر موجه کسر 2/25 نمره ·
• چهار جلسه غیبت غیر موجه کسر 4 نمر

سخنرانی، مباحثه  Brain  Storming ، سرچ و ارائه مداوم تکلیف کلاسی، پرشش و پاسخ، گزارش مرتب کار، بازدید علمی از آزمایشگاهها و مراکز مرتبط

جلسه اول    
تاریخچه ژنتیک، مفهوم و تعاریف خاص عام و کاربردی ژنتیک، تفاوت مباحث ژنتیک مولکولی، سیتوژنتیک، اپی ژنتیک، ژنتیک مندلی، ژنتیک کمی، اهمیت کاربردی ژنتیک در کشاورزی، سلول ، خصوصیات حیاتی سلولها، تقسیم بندی کلی سلولها و عملکرد آنها، مروری بر ساختمان سلول، ترکیب شیمیایی سلول، مولکول های بیولوژیک، وظایف ماکرو مولکولها در سلول، اعمال دیواره سلولی، سیستم و اعمال غشاء سلولی،  ساختمان سیتوپلاسم و اندامکهای موجود در آن (شبکه درون سیتوپلاسمی یا آندوپلاسمیک رتیکولوم، ریبوزوم، دستگاه گلژی، لیزوزوم، میتوکندری، پلاستها، سانتریول، رنگدانه ها، پروکسی زوم، واکوئل و ...)، اسکلت سلولی (میکروتوبولها و میکروفیلامانها)، هسته سلول، هسته اینترفاز، غشا و اسکلت هسته،و اجزا آن، کروموزوم، کروماتیت، پروتئینهای هیستون

جلسه دوم        

رفتار کروموزوم ها در طی تقسیم سلولی (سازماندهی و تفکیک کروموزوم ها در میتوز، سازماندهی و تفکیک کروموزوم ها در میوز)، بیوشمی هیستونها- ساختار هیستون

جلسه سوم        
ژنتیک مولکولی، ساختار DNA ، RNA و نحوه همانند سازی و انزیمهای دخیل در همانند سازی، اسیدنوکلئیکها: بازهای پورین و پریمیدین، نوکلئوزیدها، نوکلئوتیدها، تفاوت DNA وRNA. پیوندهای شیمیائی، شیمی اسیدهای نوکلئیک (نوکلئوتید و نوکلئوزید)،

جلسه چهارم        
انواع RNA، ساختار ژن و تعریف اسپلاسینگ، بلوغ Rna،  ترجمه، مفهوم کدون و آنتی کدون،، ساخته شدن پروتئین، تنظیم میانی ژن، مدل اپران، جهش و اهمیت آن در اصلاح گیاه و دام- تعریف اپی ژنتیک و روشهای کنترل اپی ژنتیکی بیان ژنها، موتاسیون، مکانیسمهای ترمیم DNA، ترانسپوزان و انواع آن، الل ها و تکرار ژنها، انواع ژنها از لحاظ تکرار، معرفی ژنهای حفاظت شده و کاربرد آنها.

جلسه پنجم        
 تنظیم بیان ژن در پروکاریوتها- اپرون- اپرون Lac و اپرون تریپتوفان – RNA interference
تنظیم بیان ژن در یوکاریوتها -  استفاده ازAntisense RNA Technology

جلسه ششم        
ژنتیک سرطان و اپوپتوزیس و تشخیص مولکولی بیماریهای ژنتیکی انسانی
ژن Ras و سرطان موتاسیون توضیح داده میشود. - اختلاف بین سلولهای طبیعی و سرطانی موتاسیون توضیح داده میشود. - مکانیسم ژنتیک مولکولی تبدیل سلولهای سالم به سلولهای سرطانی موتاسیون توضیح داده میشود. - مواد سرطان زا (شیمیایی و فیزیکی ) با دانشجویان به بحث گذاشته میشود. - انکوژن (ویروسهای سرطان زا) توضیح داده میشود. - نحوه مقابله با سرطان , رادیوتراپی , پرتودرمانی , استفاده از مواد شیمیایی , ژن درمانی شرح داده میشود

جلسه هفتم        
انواع ترانسپوزون -ترانسداکشن  -کونژوگاسیون -ترانسفورمیشن   - استفاده از باکتری ها در مهندسی ژنتیک  

جلسه هشتم        
شناسائی ژن ها از طریق Micro array، بررسی نواحی حفاظت شده در ORF و پروموتور ژن ها و تاثیر آنها در میزان رونویسی، بررسی توالی‌های 5' UTR و  UTR′3 مربوط به mRNA و تاثیر آنها در میزان بیان ژن، ژنتیک معکوس، استفاده از تکنیک‌های VIGS و RNAi برای بررسی وظیفه ژن، روشهای سنجش کمی پروتئین با روش‌های جذب نور فرابنفش، Bradford assay و Lowry assay، روشهای بررسی میزان بیان ژن (quantitative-RT-PCR ، semi-quantitave-RT-PCR)، روش‌های استخراج پروتئین از باکتری، گیاهان و جانوران، اساس الکتروفورز، الکتروفورز پروتئین به روش SDS-PAGE

جلسه نهم        
تاریخچه و اهمیت مهندسی ژنتیک، دستاوردهای مهندسی ژنتیک، بررسی و مقایسه روشهای استخراج DNA از موجودات زنده (باکتری ، گیاه و جانور)، نحوه استخراج RNA از موجودات زنده، ماهیت پلاسمید و روشهای استخراج آن، ناقلین مورد استفاده در مهندسی ژنتیک (کاسمید، BAC و YAC)، آنزیم های مورد استفاده در مهندسی ژنتیک، ماهیت و کاربرد آنزیم های محدود اثر، چگونگی برش و اتصال DNA در ناقل، تهیه کتابخانه ژنومی، تهیه cDNA، انتقال DNA دست ورزی شده به موجودات زنده  (باکتری، مخمر، گیاه و جانور) روش های تشخیص موجودات دست ورزی شده (استفاده از کاوشگرها، نشانگرها، PCR و ...)، تعیین ترادف نوکلئوتیدی، بررسی نحوه بیان ژن، مقایسه بیان ژنها، جهش زایی هدف دار و کاربرد موجودات جهش یافته

جلسه دهم        
اشنایی با تکنیکهای استخراج ژنوم و اساس تکنیکهای  pcr، Real time pcr، میکرواری و  اسنیپ چیپ

جلسه یازدهم        
مقدمه و تاریخچه، آشنائی با وسائل آزمایشگاهی و نحوه کار با آنها (آون، اتوکلاو، لامینار ایرفلو، لوازم اندازه گیری)، آشنائی با محلول های فیزیولوژیکی و نحوه تهیه بافرها، آشنائی با روش ها و دستگاه های کار با پروتئین ها و آنزیم ها،  اصول سانتریفیوژ و آشنائی با انواع آنها، اصول اسپکتروفتومتری و آشنائی با انواع آنها، آشنائی با الکتروفورزهای پروتئین و اسید های نوکلئیک، اصول کروماتوگرافی و انواع آن (TLC، HPLC و ...)، روشهای استخراج و خالص سازی اسید نوکلئیکها، پروتئین ها و آنزیم ها.

جلسه دوازدهم        
تعریف و ساختار بانک اطلاعاتی (Database)، انواع بانک های اطلاعاتی، روش جستجوی مقالات علمی، توالی پروتئین ها و DNA، توضیح کامل نرم افزارهای کاربردی برای تهیه مقاله، گزارش کار، پوستر و ارائه سمینار (Power point، Photo shop، Word، Excel و غیره)، معرفی نرم افزارهای مقدماتی برای محاسبه ویژگی های پروتئین و DNA، آشنائی با نرم افزارهای تجزیه و تحلیل روابط ژنتیکی و آماری، آشنائی با نرم افزارهای رویت ساختارهای پروتئینی

جلسه سیزدهم        
توالی یابی نسل آینده و نسل سوم

جلسه چهاردهم        
فارماکوژنومیکس، تجویز دارو بر اساس ژنوم انفرادی بیماران

جلسه پانزدهم        
سمینارهای گروهی در مورد مباحث مهندسی ژنتیک. یکی از موضوعات بیوتکنولوژی کشاورزی یک مطالعه آزمایشگاهی یا کتابخانه ای در زمینه های بیوتکنولوژی در یک آزمایشگاه معتبر در دانشگاه یا یک موسسه تحقیقاتی مربوطه انجام داده و پس از تنظیم گزارش نهایی، نتایج را به صورت سمینار ارائه نماید

جلسه شانزدهم        
سمینارهای گروهی در مورد مباحث مهندسی ژنتیک. یکی از موضوعات بیوتکنولوژی کشاورزی یک مطالعه آزمایشگاهی یا کتابخانه ای در زمینه های بیوتکنولوژی در یک آزمایشگاه معتبر در دانشگاه یا یک موسسه تحقیقاتی مربوطه انجام داده و پس از تنظیم گزارش نهایی، نتایج را به صورت سمینار ارائه نماید
 

هدف کلی درس:

شناخت اجزای اصلی سلولهای یوکاریوتی و پروکاریوتی و مقایسه آنها · آشنایی با ساختار ماده ژنتیکی سلول و تفاوت سلولهای یوکاریوتی و پروکاریوتی از این نظر · آشنایی با نحوه همانندسازی DNA، رونویسی و تولید RNA، و بیان پروتئین ها · شناخت ساختار ژن و درک عملکرد و نحوه تنظیمات رونویسی و بیان ژن در یوکاریوتها و پروکاریوتها · آشنایی مقدماتی با روش های کاربردی در تکنولوژی DNA نوترکیب و مهندسی ژنتیک · شناخت انواع جهش های ژنتیکی و روش های ایجاد موتاسیون · آشنایی با انواع تنوع های ژنتیکی و بیماری های ناشی از آن · ایجاد نگرش در خصوص راهکارهای درمانی نوین مبتنی بر تفاوتهای ژنتیکی بیماران · آشنایی با اصول ژنتیکی منجر به بروز انواع مختلف سرطانها · آشنایی با سلولهای بنیادی و مفاهیم پایه مرتبط با آنها و نیز کاربردهای درمانی سلولها بنیادی

نحوه ارزیابی:

1. حضور مرتب، رعایت مقررات آموزشی و حسن اخلاق
2. مشارکت فعال در مباحث گروهی، حل تکالیف، و تمرینات کلاس
3. آزمون کتبی میان ترم و انتهایی دوره
4. سمینار( فارسی، انگلیسی)
5. حضور مرتب در بخشهای عملی
6. تهیه گزارش کار

متد آموزشی: سخنرانی، مباحثه  Brain  Storming ، سرچ و ارائه مداوم تکلیف کلاسی، پرشش و پاسخ، گزارش مرتب کار، بازدید علمی از آزمایشگاهها و مراکز مرتبط

جلسه اول    
رده بندی جانوری بز، اهلی شدن بز، تعداد بز و پراکنش آن، اهمیت تولیدات بز، آمارو ارقام مفید در پرورش بز، تفاوت بز و گوسفند اصطلاحات متداول در  انگلیسی، 

جلسه دوم        
نژادهای معروف بز در دنیا و ایران، پراکنش، معروفیت، خصوصیات تولیدی و تولید مثلی

جلسه سوم        
جایگاه و اصول تاسیسات، نور، دما، رطوبت، بهاربند، ابشخور، کف سالن، جنس سقف، زایشگاه، محوطه شیردوشی، حمام ضد کنه، سیلو، نحوه پروژه نویسی، عایق بندی، انبار غذا، بیمارستان، قرنطینه

جلسه چهارم        
تکنیکهای تولید مثل، همزمان سازی فحلی، لقاح، دور آبستنی، مراقبتهای دوره آبستنی مادر و بزغاله، فلاشینگ، تلقیح مصنوعی، لقاح آزمایشگاهی، روشهای اسپرم گیری، تعیین جنسیت، انجماد اسپرم، بلوغ جنسیب، سیکل تناسلی، علائم فحلی، بهترین زمان تلقیح، نحوه سیدرگذاری

جلسه پنجم        
تغذیه بزَ، سطح مصرف خوراک، تنظیم و فرمولاسیون جیره، مواد افزودنی خوراکی، تغذیه در پرواربندی و پرورش داشتی، کنسانتره ها، مواد ضد تغذیه ای، رفتارشناسی خوراک خوردن بز

جلسه ششم        
ژنتیک و اصلاح نژاد، تعداد کروموزوم، طراحی یک برنامه اصلاح نژادی، هسته های باز و بسته، استفاده از نشانگرهای مولکولی، استفاده از روشهای ژنومیک، ژنهای کنترل کننده رنگ بدن

جلسه هفتم        
بیماریها و اصول بهداشت، بیماریهای متداول، واکسنها، زمان انجام تزریقات، محل انجام تزریقات، تست تشخیص الودگی انگلی فاماچا، نحوه تشخیص بز سالم و بیمار

بخش عملی پرورش بز- مجتمع تحقیقاتی خلعت پوشان
جلسه اول        
شکل ظاهری و اناتومی بز، ماهیچه ها و اناتومی اسکلت، تفاوت بز و گوسفند، ابعاد بدن، تشخیص سن، نسبت نر و ماده در جفتگیری، انواع جفتگیری، انواع رکورد، ارزیابی تیپ، نحوه مقید کردن، تست فاماچا، بررسی میدان دید در بز، خوراندن کپسول پلت و بلوس

جلسه دوم        
تاسیسات و اصول طراحی جایگاه، کف، سقف، دیوار، پنجره، زایشگاه، بهاربند، سیلو، نور و دما و ابشخور و بیمارستان

جلسه سوم        
اشنایی با ابزارهای مورد استفاده، شماره زن، سم چین، شاخ سوزی، اخته کردن، تهیه کرک و کشمیر، اسپیکولوم، فارماکولوژی در پرورش بز

جلسه چهارم        
شناسایی اناتومی سم، مزایای سم چینی، انجام عملی سم چینی و خونگیری

جلسه پنجم        
مراقبتهای پیش و بعد از زایمان، نحوه تشخیص فحلی، نحوه تشخیص ابستنی

جلسه ششم        
جیره نویسی و فرمولاسیون جیره و نحوه  مخلوط کردن غذا

جلسه هفتم        
روشهای رکوردبرداری، انواع رکورد در پرورش بز، اشناسی با نرم افزار محاسبه همخونی،

جلسه هشتم        
بازدید از مزارع پرورش موفق بز در سطح استان

Osman Mahgoub, I. T. Kadim, E. C. Webb. 2011.Goat Meat Production and Quality. CAB publication.

Mary C. Smith, David M. Sherman. 2009. Goat Medicine, 2nd Edition. Wiley-Blackwell publication.

Diego E. Garrote, Gustavo J. Arede. 2012.Goats: Habitat, Breeding and Management.  Nova Science Pub Inc.

Cheryl K. Smith.2010. Raising Goats For Dummies.  Practical guide.New Society Publishers

Deborah Niemann. 2013. Raising Goats Naturally: The Complete Guide to Milk, Meat and More. New Society Publishers.

Margaret Melling.1998. Sheep and Goat Practice 2, The In Practice Handbooks. New Society Publishers.

Jerry Belanger.2010. Storey's Guide to Raising Dairy Goats, 4th Edition: Breeds, Care, Dairying, Marketing. Storey Publishing, LLC.

مجید خالداری. 1382اصول پرورش گوسفند و بز. انتشارات دانشگاه تهران

نجفقلی دبیری. 1381. پیشرفتهای تحقیقاتی در گوسفند و بز. انتشارات اهواز

رضا اسدپور و همکاران-مامایی و بیماریهای تولیدمثل گوسفند و بز- دانشکده دامپزشکی دانشگاه تبریز.

مسعود هاشمی. فیزیولوزی تولید مثل و تلقیح مصنوعی- انتشارات فرهنگ جامع

حسین دقیق کیا - دکتر غلامعلی مقدم. فیزیولوژی تولید مثل در حیوانات مزرعه ای- انتشارات دانشگاه تبریز

شریف‌عسگری – بهرام- 1382 -بیماریهای گوسفند و بز- دانشگاه تهران

جوادتوکلیان. نگرشیبرذخائرژنتیکیداموطیوربومیایران- موسسه تحقیقات علوم دامی کشور

هدف کلی درس:

آشنایی با مفاهیم اولیه طبقه بندی بز از نظر جانور شناسی، اهلی شدن و تاریخچه پرورش، اهمیت تولیدات بز، نژادهای بز در دنیا و ایران و پراکنش جغرافیایی، آشنایی با نژادهای تیپ گوشتی، کرکی، شیری، دو و چند منظوره، جایگاه و اصول ساخت تاسیسات ، تکنیکهای تولید مثل، تغذیه بز، اصلاح نژاد در بز، بهداشت و بیماریها در بز،

آشنایی با مفاهیم اولیه طبقه بندی بز از نظر جانور شناسی، اهلی شدن و تاریخچه پرورش، اهمیت تولیدات بز، نژادهای بز در دنیا و ایران و پراکنش جغرافیایی، آشنایی با نژادهای تیپ گوشتی، کرکی، شیری، دو و چند منظوره، جایگاه و اصول ساخت تاسیسات ، تکنیکهای تولید مثل، تغذیه بز، اصلاح نژاد در بز، بهداشت و بیماریها در بز،

1. حضور مرتب، رعایت مقررات آموزشی و حسن اخلاق
2. مشارکت فعال در مباحث گروهی، حل تکالیف، و تمرینات کلاس
3. آزمون کتبی میان ترم و انتهایی دوره
4. سمینار( فارسی، انگلیسی)
5. حضور مرتب در بخشهای عملی
6. تهیه گزارش کار

جلسه اول    
تعریف تحقیق، انواع تحقیق، طراحی یک تحقیق استاندار، انواع روش تحقیق، انواع متغیرها، انواع مطالعه، انواع فرضیه در تحقیق، جامعه و نمونه، متغیرهای و مدیریت داده ها نوع مطالعه: توصیفی و تحلیلی نوع مطالعه : تجربی و نیمه تجربی- اعتبار مطالعه و تهدید های وارده بر انواع مطالعه- نمونه گیری و تعیین حجم نمونه-ابزار و روش های جمع آوری داده ها- روائی و پایائی ابزار

جلسه دوم        
انواع طرح آزمایشی، مفاهیم اولیه و یاداوریهای آمار، همبستگی، رگرسیون، معیارهای گرایش به مرکز، مفهوم آنالیز واریانس، انواع ازمون میانگینها و مزایا و معایب هر کدام شناسایی متغیرهای مخدوش کننده- روشهای آماری مورد استفاده جهت تجزیه و تحلیل داده ها(توصیفی،تحلیلی)

جلسه سوم        
مروری بر اصول اخلاقی در تحقیق، تفاوت کنفرانس، سمینار و سمپوزیوم، کنگره
 

جلسه چهارم        
پروپزال نویسی، نحوه نگارش پایان نامه، اصول نگترش مقدمه، مرور منابع، مواد و روشها، نتایج، اصول نتایج و بحث، نحوه سخنرانی، اشتباهات در سخنرانی، نحوه تنظیم اسلایدها، توصیه های کلیدی در مورد پاورپونت، نحوه پاسخ به سوالات، اقدامات لازم پیش و پس از جلسه دفاعیه

جلسه پنجم        
نحوه جستجوی اطلاعات در پایگاههای اطلاعاتی و نحوه بررسی منابع در کتابخانه

جلسه ششم        
نحوه نگارش مقالات فارسی و انگلیسی، نحوه و استراتژیهای نوشتم مقدمه، انواع سیاستگذاری برای انجام مرور و منابع، نحوه طراحی جدول و گراف در نتایج، نحوه نوشتن Cover letter

جلسه هفتم        
 سرقت ادبی، ابزارهای شناسایی سرقت ادبی، نحوه انجام  re-submission  ، 

جلسه هشتم        
نحوه سابمیت مقالات به مجلات، نحوه انتخاب مجله مناسب برای چاپ در کوتاهترین زمان

جلسه نهم        
آشنایی با نرم افزارهای رفرنس نویسی و ذخیره سازی اطلاعات و رفع مشکلات نگارش انگلیسی

جلسه دهم        
راههای کلیدی و میانبر و توصیه های ارزشمند تجربه ای برای نگارش مقالات انگلیسی برای مبتدیان و دانشجویان تکمیلی برای تجربه اول

جلسه یازدهم        
نگارش و طراحی و سازماندهی دو مقاله مروری و تحقیقی برای انجام سابمیت عملی به پایگاههای انتشار مجلات

جلسه دوازدهم        
بحث و نقد مقالات نگاش شده  دانشجویان و رفع اشکالات

جلسه سیزدهم        
بحث و نقد مقالات نگاش شده  دانشجویان و رفع اشکالات

جلسه چهاردهم        
بحث و نقد مقالات نگاش شده  دانشجویان و رفع اشکالات

جلسه پانزدهم        
بحث و نقد مقالات نگاش شده  دانشجویان و رفع اشکالات

جلسه شانزدهم        
بحث و نقد مقالات نگاش شده  دانشجویان و رفع اشکالات

رفرنسهای تدریس:

Catherine Dawson. 2007. A Practical Guide to Research Methods. CABI.

هدف کلی درس:

آشنایی با روشهای تحقیق، طراحی یک تحقیق استاندارد، انواع متغیرها، مروری اجمالی بر اصول اخلاقی در تحقیق، تفاوت کنفرانس، سمینار، سمپوزیم، پروپزال نویسی، نحوه نگارش پایان نامه، نحوه تنظیم اسلایدها، توصیه های کاربردی در تهیه پاورپوینت، نحوه جستجو اطلاعات در پایگاههای اطلاعاتی و بررسی منابع در کتابخانه، اصول طراحی و تهیه مقالات علمی فارسی و انگلیسی، سرقت ادبی و ابزارهای شناسایی سرقت ادبی، نحوه سابمیت مقاله به مجلات، آشنایی با نرم افزارهای رفرنس نویسی و ذخیره و سازماندهی اطلاعات

1. حضور مرتب، رعایت مقررات آموزشی و حسن اخلاق
2. مشارکت فعال در مباحث گروهی، حل تکالیف، و تمرینات کلاس
3. آزمون کتبی میان ترم و انتهایی دوره
4. سمینار( فارسی، انگلیسی)
5. حضور مرتب در بخشهای عملی
6. تهیه گزارش کار

متد آموزشی: سخنرانی، مباحثه  Brain  Storming ، سرچ و ارائه مداوم تکلیف کلاسی، پرشش و پاسخ، گزارش مرتب کار، بازدید علمی از آزمایشگاهها و مراکز مرتبط

بررسی میانکنش و تعامل پروتئین ها

جلسه اول:

معرفی بهترین پایگاه های داده بررسی کننده میانکنش بین پروتئین ها

روش‌های شناسایی میانکنش پروتئین‌ها صدها هزار تعامل را تعریف کرده‌اند. این تعاملات در پایگاه های تخصصی بیولوژیکی جمع شده‌اند که امکان مطالعه بیشتر و مونتاژ پیش بینی ها را فراهم می‌کندپایگاه داده های اصلی بر اساس نتایج گسترده عملی به دست آمده است. سه نوع پایگاه داده برای بررسی میانکنش بین پروتئین ها وجود دارد.

جلسه دوم: آشنایی با پایگاه های داده اولیه برای  بررسی کننده میانکنش بین پروتئین ها

• پایگاه داده اولیه: این پایگاه ها داده های میانکنش ها را براساس آزمایشات تجربی اراده می نماید و این نوع داده ها از اعتبار بالایی برخوردار هستند. این نوع پایگاه های داده مانند:

DIP

 Biomolecular Interaction Network Database (BIND)

 Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID)

 Human Protein Reference Database (HPRD),

جلسه سوم: 

IntAct Molecular Interaction Database

 Molecular Interactions Database (MINT)

 MIPS Protein Interaction Resource on Yeast (MIPS-MPact)

 MIPS Mammalian Protein–Protein Interaction Database (MIPS-MPPI)

جلسه چهارم:

آشنایی با پایگاه های داده متا برای  بررسی کننده میانکنش بین پروتئین ها

• پایگاه داده های متا: داده های میانکنشی که از این پایگاه های داده ارائه میشوند بر اساس آنالیز و ترکیب داده های پایگاه های داده اولیه می باشد. این نوع داده ها نیز از اعتبار بالایی برخوردار هستند. این نوع پایگاه های داده مانند:

Agile Protein Interactomes Dataserver (APID)

 The Microbial Protein Interaction Database (MPIDB)

 Protein Interaction Network Analysis (PINA) platform. (GPS-Prot)

جلسه پنجم:

• پایگاه داده تخمینی که بر اساس ابزار های محاسبات بدست آمده است. مانند:

Human Protein–Protein Interaction Prediction Database (PIPs)

Interlogous Interaction Database (I2D)

 Known and Predicted Protein–Protein Interactions (STRING)

 Unified Human Interactive (UniHI)

1. Wilson and Walker’s Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology

نویسنده: Andreas Hofmann
این کتاب یکی از منابع پرفروش و معتبر در زمینه بیوشیمی و زیست‌شناسی مولکولی است که جدیدترین روش‌ها و تکنیک‌ها را برای دانشجویان و محققان پوشش می‌دهد. این نسخه با فصل‌های جدیدی درباره پروتئومیکس، ژنومیکس، متابولومیکس و بیوانفورماتیک، به‌روزرسانی شده است. کتاب با زبانی ساده به مفاهیم و روش‌ها می‌پردازد و شامل مثال‌های عملی برای درک بهتر موضوعات پیچیده است.
مناسب برای: دانشجویان زیست‌شناسی، بیوتکنولوژی، و پزشکی.

2. Bioinformatics For Dummies

نویسندگان: Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame
این کتاب به زبان ساده و با رویکردی غیر فنی به معرفی بیوانفورماتیک پرداخته است و به خوانندگان امکان می‌دهد بدون نیاز به نصب برنامه‌های پیچیده و محاسبات دشوار، به تحلیل داده‌های زیستی بپردازند. با استفاده از ابزارهای آنلاین و راهنماهای گام به گام، این کتاب به شما کمک می‌کند تا انواع توالی‌ها را تحلیل کنید، به پایگاه‌های داده مختلف دسترسی داشته باشید و ساختارهای سه‌بعدی پروتئین‌ها را تجسم کنید.
مناسب برای: علاقه‌مندان به بیوانفورماتیک که به دنبال راهنمایی‌های ساده و کاربردی هستند.

3. Bioinformatics Data Skills: Reproducible and Robust Research with Open Source Tools

نویسنده: Vince Buffalo
این کتاب به شما مهارت‌های لازم برای پردازش داده‌های بزرگ زیستی و به‌دست آوردن نتایج قابل بازتولید را آموزش می‌دهد. شما با استفاده از ابزارهای متن‌باز، یاد می‌گیرید که چگونه داده‌های پیچیده زیستی را تجزیه و تحلیل کنید. از پردازش داده‌های ژنومیک تا استفاده از سیستم‌های کنترل نسخه مانند Git، این کتاب تمامی جنبه‌های ضروری برای محققان داده‌های زیستی را پوشش می‌دهد.
مناسب برای: محققان با تجربه متوسط در برنامه‌نویسی.

4. Understanding Bioinformatics

نویسنده: Marketa Zvelebil, Jeremy Baum
این کتاب با رویکردی مفهومی، دانشجویان را از اصول اولیه تا تکنیک‌های پیشرفته و الگوریتم‌های کلیدی بیوانفورماتیک راهنمایی می‌کند. کتاب به صورت بخش‌های مختلفی تقسیم شده است که شامل کاربردهای عملی و تئوری می‌شود. همچنین از طریق نمودارها و نقشه‌های ذهنی به‌طور کامل مفاهیم را توضیح می‌دهد.
مناسب برای: دانشجویان مقاطع کارشناسی و کارشناسی ارشد.

5. Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach

نویسنده: Phillip Compeau, Pavel Pevzner
این کتاب از اولین منابعی است که از روش‌های یادگیری فعال برای آموزش بیوانفورماتیک استفاده می‌کند. هر فصل با یک پرسش زیستی آغاز می‌شود و سپس به‌تدریج پیچیدگی‌های الگوریتمی لازم برای پاسخ به آن پرسش را توسعه می‌دهد. این کتاب هم برای دانشجویان زیست‌شناسی و هم برای علاقه‌مندان به علوم کامپیوتر جذاب است و شامل تمرین‌های تعاملی فراوان است.
مناسب برای: دانشجویان زیست‌شناسی و علوم کامپیوتر که به یادگیری عملی علاقه‌مند هستند.

6. Bioinformatics: Methods and Applications

نویسنده: S. C. Rastogi
این کتاب جامع به معرفی روش‌ها و کاربردهای بیوانفورماتیک در زمینه‌های ژنومیکس، پروتئومیکس و کشف دارو می‌پردازد. با چهارمین ویرایش خود، این کتاب یک منبع ارزشمند برای دانشجویان و محققان است که به دنبال درک عمیق‌تر تکنیک‌های بیوانفورماتیک و کاربردهای عملی آن هستند.
مناسب برای: دانشجویان و محققان بیوتکنولوژی و بیوانفورماتیک.

7. BIOINFORMATICS ALGORITHMS

نویسنده: Phillip Compeau
این کتاب جلد اول از مجموعه Bioinformatics Algorithms است و یکی از اولین کتاب‌های درسی است که از انقلاب اخیر دوره‌های آموزشی آنلاین (MOOC) پدید آمده است. هر فصل با یک سؤال زیستی شروع می‌شود و به تدریج پیچیدگی‌های الگوریتمی لازم برای پاسخ به آن سؤال را توسعه می‌دهد. همچنین شامل تمرین‌های عملی و چالش‌های کدنویسی است که به تقویت یادگیری کمک می‌کند.
مناسب برای: دانشجویان زیست‌شناسی و علوم کامپیوتر با علاقه به یادگیری فعال.

8. Introduction to Bioinformatics

نویسنده: Arthur Lesk
این کتاب برای زیست‌شناسانی که اولین بار با بیوانفورماتیک روبه‌رو می‌شوند، مناسب است و بدون نیاز به دانش قبلی در برنامه‌نویسی، راهنمایی مفیدی در استفاده از ابزارها و تکنیک‌های بیوانفورماتیک ارائه می‌دهد. این ویرایش جدید شامل مطالب جدیدی درباره تکنیک‌های نسل جدید توالی‌یابی و ویرایش ژنوم است.
مناسب برای: زیست‌شناسان مبتدی در زمینه بیوانفورماتیک.

9. Bioinformatics: Principles and Applications

نویسندگان: Dr. Zhumar Ghosh, Dr. Bibekanand Mallick
این کتاب یک منبع جامع برای دانشجویان کارشناسی و کارشناسی ارشد بیوانفورماتیک است و به بررسی مفاهیم پایه‌ای، الگوریتم‌ها، و کاربردهای بیوانفورماتیک در مدل‌سازی پروتئین و طراحی دارو با کمک رایانه می‌پردازد. همچنین شامل بحث‌هایی درباره داکینگ مولکولی و نرم‌افزارهای کاربردی مانند AutoDock است.
مناسب برای: دانشجویان بیوتکنولوژی و بیوانفورماتیک.

10. Bioinformatics and Functional Genomics

نویسنده: Jonathan Pevsner
این کتاب پرفروش مقدمه‌ای گسترده بر بیوانفورماتیک و ژنومیکس ارائه می‌دهد و اکنون در ویرایش سوم به‌روزرسانی شده است. این کتاب به ابزارهای نرم‌افزاری و تکنیک‌های محاسباتی جدید پرداخته و با تصاویر و نمودارهای فراوان، یادگیری را تسهیل می‌کند. هر فصل شامل اهداف یادگیری، مجموعه‌ای از مسائل و نرم‌افزارهای رایگان مرتبط است.
مناسب برای: دانشجویان کارشناسی ارشد و محققان علوم زیستی و محاسباتی.

11. Essential Bioinformatics

نویسنده: Jin Xiong
این کتاب یک معرفی جامع و مختصر از بیوانفورماتیک ارائه می‌دهد و به بررسی ابزارهای محاسباتی مدرن که برای حل مشکلات زیست‌شناسی تحقیقاتی به کار می‌روند، می‌پردازد. کتاب بر روش‌های محاسباتی تمرکز دارد و نقاط قوت و ضعف مختلف روش‌ها را مقایسه می‌کند، بدون اینکه استفاده زیادی از فرمول‌های ریاضی داشته باشد.
مناسب برای: دانشجویان زیست‌شناسی که به دنبال آشنایی با بیوانفورماتیک هستند.

12. Mastering Python for Bioinformatics

نویسنده: Ken Youens-Clark
این کتاب راهنمای عملی برای زیست‌شناسان و محققان بیوانفورماتیک است که می‌خواهند از زبان برنامه‌نویسی پایتون برای حل مشکلات زیستی استفاده کنند. کتاب شامل تمرین‌های عملی و چالش‌هایی است که به محققان کمک می‌کند تا نرم‌افزارهای مستند و تست‌شده ایجاد کنند.
مناسب برای: محققان و دانشجویان بیوانفورماتیک که به دنبال ارتقای مهارت‌های برنامه‌نویسی خود هستند.

13. Algorithms in Structural Molecular Biology

نویسنده: Bruce R. Donald
این کتاب به بررسی الگوریتم‌های مورد استفاده در زیست‌شناسی ساختاری، از جمله NMR، کریستالوگرافی اشعه X، و طراحی پروتئین‌ها و مولکول‌های کوچک می‌پردازد. این کتاب بر ترکیب آزمایش‌های بیوفیزیکی و الگوریتم‌های محاسباتی تأکید می‌کند و یک منبع ارزشمند برای دانشجویان و محققانی است که به دنبال درک بهتر زیست‌شناسی ساختاری هستند.
مناسب برای: دانشجویان و محققان زیست‌شناسی ساختاری و محاسباتی.

14. Bioinformatics with Python Cookbook

نویسنده: Tiago Antao
این کتاب به محققان و تحلیل‌گران بیوانفورماتیک کمک می‌کند تا از کتابخانه‌های پایتون برای تحلیل داده‌های زیستی بزرگ استفاده کنند. با مثال‌های واقعی، کتاب نحوه کار با مجموعه‌های داده‌های بزرگ را توضیح می‌دهد و شامل تکنیک‌های آماری و یادگیری ماشینی نیز می‌شود.
مناسب برای: تحلیل‌گران بیوانفورماتیک و محققانی که با داده‌های زیستی بزرگ سر و کار دارند.

15. Algorithms in Bioinformatics: A Practical Introduction

نویسنده: Wing-Kin Sung
این کتاب به معرفی تکنیک‌های الگوریتمی در بیوانفورماتیک می‌پردازد و مشکلات محاسباتی و زیستی مرتبط را با جزئیات کامل شرح می‌دهد. هر فصل شامل مثال‌هایی برای توضیح الگوریتم‌ها و تمرین‌های پایان فصل برای تقویت یادگیری است.
مناسب برای: دانشجویان و محققان بیوانفورماتیک که به دنبال یادگیری عمیق‌تر الگوریتم‌های محاسباتی هستند.

16. Understanding Bioinformatics

نویسندگان: Marketa Zvelebil, Jeremy Baum
این کتاب راهنمای جامعی برای دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری است که به بررسی مفاهیم پایه و الگوریتم‌های کلیدی بیوانفورماتیک می‌پردازد. ساختار کتاب به صورت مفهومی طراحی شده و دانشجو را از اصول اولیه تا تکنیک‌های پیشرفته همراهی می‌کند. در بخش‌های مختلف کتاب، مفاهیم تئوری و کاربردی به صورت جداگانه ارائه شده است.
مناسب برای: دانشجویان بیوانفورماتیک که به دنبال درک عمیق‌تری از الگوریتم‌های محاسباتی و تکنیک‌های پیشرفته هستند.

17. Bioinformatics and Functional Genomics

نویسنده: Christina Marshall
این کتاب به بررسی چگونگی استفاده از بیوانفورماتیک در مطالعه و تحلیل جنبه‌های مختلف ژن‌ها، از جمله توالی‌یابی DNA، تعاملات پروتئین-پروتئین و غیره می‌پردازد. همچنین کاربردهای بیوانفورماتیک و ژنومیک عملکردی را در صنایع مختلف مورد بررسی قرار می‌دهد.
مناسب برای: محققان ژنتیک، زیست‌شناسان و مهندسان زیستی.

18. Bioinformatics

نویسندگان: Andreas D. Baxevanis, Gary D. Bader, David S. Wishart
این کتاب در چهارمین ویرایش خود به معرفی جدیدترین پیشرفت‌ها در زمینه بیوانفورماتیک می‌پردازد. با تمرکز بر تحلیل داده‌ها و الگوریتم‌های پیشرفته، کتاب به محققان و دانشجویان کمک می‌کند تا از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای کشف‌های زیستی استفاده کنند.
مناسب برای: بیولوژیست‌ها، محققان بیوانفورماتیک و دانشجویانی که به دنبال یادگیری روش‌های پیشرفته و ابزارهای جدید در این زمینه هستند.

19. Bioinformatics: A Practical Guide to Next Generation Sequencing Data Analysis

نویسنده: Hamid D. Ismail
این کتاب به بررسی عمیق تحلیل داده‌های نسل جدید توالی‌یابی (NGS) می‌پردازد و برای محققان و دانشجویانی که به دنبال درک و استفاده از داده‌های توالی‌یابی هستند، راهنمایی کاربردی ارائه می‌دهد.
مناسب برای: محققان و دانشجویان بیوانفورماتیک که با داده‌های توالی‌یابی نسل جدید سر و کار دارند.

20. Bioinformatics: Sequences, Structures, Phylogeny

نویسنده: Asheesh Shanker
این کتاب به بررسی مفاهیم پایه و پیشرفته در زمینه تحلیل توالی، ساختارها و فیلوژنی می‌پردازد. موضوعات کتاب شامل توالی‌یابی، تنوعات ژنتیکی، بیوانفورماتیک ساختاری، کشف دارو و کاربرد برنامه‌نویسی R در تحلیل داده‌های زیستی است.
مناسب برای: دانشجویان و محققانی که به دنبال یادگیری بیوانفورماتیک در زمینه‌های مختلف هستند.

آموزش پایگاه های داده های زیستی

1. آموزش پایگاه های داده NCBI

2. آموزش پایگاه های داده ensemble و ucsc

4. آموزش پایگاه های داده توالی ژنومی و پروتئینی

5. آموزش نحوه جستجو در داده توالی ژنومی و پروتئینی

6. آموزش نحوه تعیین خصوصیات یک ژن در پایگاه های داده

7. آموزش نحوه تعیین واریانت های  بیانی (transcription variant) یک ژن

8. آموزش نحوه تعیین ایزوفرم ها پروتئینی  یک ژن

9. آموزش نحوه تعیین جهش های (SNP)  یک ژن

10. آموزش نحوه تعیین پروموتر یک ژن

11. آموزش پروژه ژنوم انسان در پایگاه های داده

آموزش عملی بلاست blast

1. آموزش روش های بلاست کردن

2. آموزش نحوه بلاست نمودن توالی ها در پایگاه ها داده (ncbi، ensemble، ucsc و …)

3. آموزش نحوه بلاست توالی نوکلئوتیدی با پایگاه های داده نوکلئوتیدی (blastn nucleotide blast:)

4. آموزش نحوه بلاست توالی پروتئین با پایگاه های داده پروتیئن (blastp protein blast:)

5. آموزش کاربردهای روش های بلاست blastx tblastn tblastx

آموزش تعیین عملکرد پروتئین ها و دومین های آن ها

1. آموزش نحوه تعیین عملکرد یک پروتئین نا شناخته

2. آموزش وب سایت های بررسی ساختار و دومین های پروتئین ها

3. آموزش عملکرد پروتئین ها

4. آموزش نحوه برریسی میانکنش پروتئین ها با یکدیگر در شبکه های ژنی

5. آموزش نرم افزار cytoscape (جهت ترسیم شبکه های ژنی)

6. آموزش سایت DAVID جهت بررسی عملکرد پروتیئن ها

7. آموزش سایت KEGG جهت تعیین مسیرهای بیوشیمیایی پروتیئن ها در موجودات

آموزش فیلوژنتیک و رسم درخت فیلوژنتیکی

1. بررسی انواع هم ردیفی (alignment) و انطباق دو یاچند توالی زیستی و امتیاز دهی به آن ها

2. Local alignment OR Global aligment؟

3. آموزش نرم افزار editseq

4. آموزش نرم افزار megalign

5. بررسی روابط تکاملی و ترسیم درختچه فیلوژنتیکی براساس توالی DNA

6. بررسی روابط تکاملی و ترسیم درختچه فیلوژنتیکی براساس توالی پروتئین

7. آموزش نحوه بررسی اعتبار درختچه های فیلوزنتیکی

8. بررسی نحوه رسم درخچه های فیلوژنتیکی با نرم افزار mega 6

9. بررسی نحوه ترسیم درخچه های فیلوژنتیکی براساس مارکرهای SSR، ISSR و RAPD با نرم افزار Ntsys

10. بررسی ویژگی های فیلوژنتیکی جمعیت ها و افراد نمونه مانند شاخص های قرابت و تنوع براساس مارکرهای SSR ، ISSR  و RAPD با نرم افزار popgene

11. نحوه انجام انالیزها PCA برای خوشه بندی افراد و جمعیت ها

آموزش تخصصی طراحی پرایمر

1. آموزش اصول طراحی پرایمر

2. آموزش نرم افزار oligo 7

3. آموزش طراحی پرایمر با نرم افزار آنلاین  Primer3

4. بررسی کیفیت پرایمرهای طراحی شده

5. بررسی اختصاصی بودن پرایمرهای طراحی شده

6. طراحی پرایمر در تکنیک PCR-RFLP

7. طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن با Real time PCR

8. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای ژن ها

9. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای تکثیر (و یا سنجش بیان ) فقط یک واریانت خاص از ژن نه همه واریانت ها

10. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای میکروRNA ها

11. آموزش نحوه طراحی پرایمر لنگر (anchor) برای سنتز cDNA برای میکروRNA ها  و ویژگی هایی که باید داشته باشد

12. آموزش نحوه طراحی پرایمر اختصاصی برای میکروRNA ها  و چگونگی هماهنگی آن با پرایمر لنگر

13. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت  برای کشف قسمت 3/   ژن ها (mRNA) (3/ RACE)

14. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت 5/   ژن ها (mRNA) (5/ RACE)

15. آموزش نحوه طراحی پرایمر جهت کشف ژن ها در گونه های نزدیک به هم

16. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز shRNA (سازه ای برای کاهش بیان ژن ها)

17. آموزش نحوه نحوه طراحی پرایمرهای هم پوشان برای حذف و یا اضافه نمودن قسمتی از ژن ها و یا SOEing pcr

18. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای جهش زایی در ژن ها

19. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای کلون نمودن ژن ها

20. طراحی پرایمر در تکنیک ARMS PCRو نحوه افزایش اختصاصیت پرایمرهای مورد استفاده در تکنیک ARMS PCR

آموزش تکنینک کلونینگ

1. آموزش نرم افزار seqbuilder جهت شبیه سازی  فرایند سازی کلون سازی قطعات ژنومی

2. نحوه اصمینان حاصل کردن از طراحی پرایمرها با جایگاه های برشی مناسب و انتخاب جایگاه های برش مناسب

3. نحوه اطمینان حاصل کردن از کلون کردن ژن های فیوژن (مانند یک پروتئین به همراه GFP) در فریم مناسب (جلوگیری از frame shift در کلونینگ)

 بررسی بیان ژن ها

1. آموزش روش های بررسی بیان ژن ها Real time یا RT-PCR

2. آموزش نحوه تعیین حجم نمونه برای گروه های مورد بررسی (مانند گروه بیمار و شاهد،، گروه تیمار و کنترل)

3. آموزش نحوه بیان داده های حاصل

4. آموزش نحوه انجام آنالیزهای آماری  بین گروه ها (t test, anova)

5. آموزش نجوه نحوه تعیین حساسیت و اختصاصیت یک بیومارکر برای افتراق بین دو گروه بوسیله ترسیم منحنی Roc ( مانند تعیین اعتبار بیان ژن برای تفکیک افراد سرطانی و نرمال از یکدیگر)

6. آموزش کاربرد رگرسیون در بررسی داده های بیانی بین دو گروه

7. آموزش چگونه با ترکیب چند مارکر یک مدل بیومارکری با  حساسیت و اختصاصیت  بالاتر به دست اوریم (مانند ترکیب بیان 5 ژن با یکدیگر در تفکیک افراد سالم و سرطانی از یکدیگر)

آموزش آنالیز داده های Real Time

1. آموزش کلی تکنیک Real time

2. اموزش طریقه ارائه داده های حاصل از real time و محاسبه سطح بیان و fold change برای داده های real time

3. بررسی آنالیزهای آماری و تعیین سطح معنی داری برای  داده های حاصل از real time

4. بررسی میزان اعتبار داده های حاصل از real time

5. بررسی کارایی (efficiency) پرایمرها در واکنش real time

نحوه بررسی ارتباط پلیمورفیسم ها (SNP) با یک فنوتیپ خاص مانند بیماری یا سرطان

1. معیار انتخاب SNP ها برای بررسی ارتباط آن ها با یک فنوتیپ چیست؟

2. چگونه SNP ها در یک ژن خاص پیدا نماییم؟

3. اگر یک ژن با بروز یک بیماری مرتبط است آیا میتوان تمام SNP های آن را در جمعیت مورد بررسی قرار داد؟

4. SNPهای موجود در پروموتر یک ژن چگونه می تواند سبب بروز بیماری گردد و این SNP ها محل اتصال چه ترانسکریپشن فاکتورهایی می توانند باشند؟

5. آیا SNP های موجود در ناحیه 3/ ژن ها از طریق تغییر محل اتصال میکروRNAها برروی mRNA می تواند سبب بروز بیماری گردد؟

6. چگونه از مدل های dominant, recessive و co-dominant در آنالیز داده های خود استفاده نماییم؟

7. نحوه محاسبه OR (odd ratio) و CI (confidential interval) برای هر یک از مدل های فوق به چه صورت می باشد؟

8. بررسی هاپلوتایپ برای چند SNP به چه صورت می باشد؟

9. آموزش محاسبه حجم نمونه در مطاعات موردی شاهدی

10. آموزش محاسبه power برای نمونه ها

آموزش آنالیز داده های میکروRNAها

1. آموزش کار با بانک های اطلاعاتی میکروRNAها

2. اموزش  یافتن ژن های هدف میکروRNAها و ترسیم شبکه های میانکنش miRNA-mRNA از طریق نرم افزار های بیوانفورماتیکی

3. آموزش تعیین نقش میکروRNAها در تنظیم شبکه ها (pathway) ها داخل سلولی

4. آموزش روش های بررسی میانکنش بین میکروRNAها و ژن های هدف به صورت آزمایشگاهی

5. آموزش نحوه سنتز cDNA اختصاصی و عمومی و بررسی بیان میکروRNAها

6. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای بررسی بیان میکروRNAها

7. آموزش طریقه ساخت سازه های (وکتورها) افزایش بیان میکروRNAها جهت بررسی عملکرد آن ها در سلول

8. بررسی ارتباط وجود SNP در خود میکروRNA و یا محل اتصال آن با بروز بیماری ها

نحوه کشف ژن ها

1. آیا ژنی که در یک گونه شناسایی شده است و دارای عملکردی شناخته شده است را می توان در سایر گونه ها نیز شناسایی کرد؟

2. آیا فنوتیپی یکسان در دو گونه (مانند سنتز یه کارتنوئید خاص) به دلیل وجود ژنی یکسان در دو گونه است؟ و در صورت شناسایی ژن مسئول این فنوتیپ در گونه اول چگونه این ژن را گونه دوم نیز شناسایی نماییم؟

3. چگونه با استفاده موجوداتی که توالی ژنومی انها موجود می باشد و ژن های آنها شناسایی شده اند(مانند گیاه آرابیدوبسیس)  ژن های مورد نظر خود را در گونه خاص پیدا نماییم؟

4. آیا ژنی که در یک موجود شناسایی شده است دارای هم خانواده می باشد و یا به تنهایی مسئول بروز فنوتیپ مربوطه می باشد؟

5. یک خاص ژن دارای چند واریانت بیانی می باشد؟

6. توالی های EST چه هستند و چگونه می توان با استفاده از توالی های EST ژن ها جدید را در موجودات کشف نمود.

7. چگونه میتوان  بر اساس نواحی حفاظت شده ژن ها در بین گونه های نزدیک به هم ژن مورد نظر خود را در گونه خاص پیدا نمایم.

8. نحوه کشف زن های جدید بر اساس توالی ژنومی موجوداتی که به تازگی پروژه ژنوم (توالی یابی کل DNA) انجام گرفته است.

9. نحوه کشف ژن های هم خانواده در یک گونه

10. چگونه با استفاده از روش های 3/ RACE و 5/ RACE توالی ژن مورد نظر را کامل شناسایی نماییم؟

متاآنالیز Meta-Analysis

1. چگونه بدون کار آزمایشگاهی مقاله ISI پژوهشی ( original) بنویسیم؟

2. مقالات مروری (review) به سختی در مجلات ISI چاپ میگردند و فرد نویسند باید فردی با تجربه در زمینه مورد بحث باشد اما مقالات متاآنالیز این گونه نیستند. در بررسی های متاآنالیز کار فرد بررسی و آنالیز نتایج سایر محققان است که این نتایج  در پایگاه های داده موجود می باشد (مانند مقالات چاپ شده). اگر شما 8 مقاله در یک زمینه مشترک (مانند اثر یک SNP با بروز بیماری، یا ارتباط بیان یک ژن با بروز بیماری) در جمعیت های مختلف (کشورهای مختلف) گرداوری نمایید می توانید با بررسی و مقایسه آماری نتایج این مقالات یک مقاله ISI چاپ نمایید (در صورتی که فردی قبلا این کار را انجام نداده باشد) برای مثال به این مقاله متاانالیز  که با بررسی و آنالیز 6 مقاله ، در ژورنال با if=1.29 به چاپ رسیده است توجه فرمایید:

Associations of Interleukin-4 Receptor Gene Polymorphisms (Q551R, I50V) with Rheumatoid Arthritis: Evidence from a Meta-Analysis. GENETIC TESTING AND MOLECULAR BIOMARKERS, Volume 17, Number 10, 2013

3. نحوه انجام انالیزهای متاآنالیز برای صفات کیفی ( مانند پلیمورفیسم ها و یا فراوانی آلل ها ) بر اساس نرم افزار comprehensive meta analysis

4. نحوه انجام انالیزهای متاآنالیز برای صفات کمی ( مانند بیان ژن ها ) بر اساس نرم افزار comprehensive meta analysis

آموزش پایگاه های ارائه دهنده داده های بیانی ژن ها و میکروRNAها

1. با استفاده از تکنولوژی های جدید و گاها کمی قدیمیتر مانند microarray و NGS اکنون بررسی بیان همه ژن های شناخته شده به همراه واریانت های ان ها به صورت بسیار وسیعی صورت گرفته و در حال انجام می باشد. بررسی بیان ژن ها در زمینه هایی مانند سرطان ها، انواع بیماری ها، مراحل مختلف تکوین یک گونه، بافت های مختلف انجام گرفته است. بنابراین اگر پایان نامه شما بررسی بیان یک ژن و یا میکروRNA خاص در بین افراد مبتلا به یک سرطان و یا بیماری خاص با افراد سالم می باشد بهتر است اول سری به این پایگاه های داده بیندازید. درصورتی که کمی شانس بیاورید حتما می توانید مطالعه ای که تمام ژن ها را در بیماری مورد نظر شما مورد بررسی قرار داده باشد پیدا نمایید و با بررسی داده های خام مطالعه یافت شده می توانید اطلاعات نسبی را در مورد میزان تغییر بیان ژن مورد نظر خود در افراد بیمار و کنترل یافت کنید. اصول کار اینگونه است که داده های microarray به دو دلیل نیاز به تایید شدن توسط سایر تکنیک های حساس تر مانند real time دارند . اول اینکه میزان خطا در روش microarray مقداری بالا بوده و دوم اینکه به دلیل هزینه بالا تعداد نمونه هایی که توسط microarray ها بررسی میکنند کم است. پس با بررسی پایگاه های ارائه دهنده داده های بیانی ژن ها و میکروRNAها می توان ژن مورد نظر خود را انتخاب و بررسی های بعدی را با روش های حساستر مانند real time برروی آن انجام داد.

2. در صورتی که شما به بررسی ارتباط  SNPای که در پروموتور ژن قرار گرفته است با بروز یک بیماری می پردازید، فرضیه شما این است که چون این SNP در پروموتر قرار گرفته است  می تواند سبب تغییر در اتصال ترانسکریپشن فاکتورها و در نتیجه تغییر در بیان ژن گردد و این تغییر در بیان ژن با بروز بیماری در ارتباط است. پس شما می توانید اختلاف در بیان این ژن را در بین گروه شاهد و بیمار در این پایگاه های داده بررسی نمایید. اگر بیان ژن در دو گروه متفاوت بود فرضیه شما می تواند درست باشد.

3. در صورتی که شما میخواهید به بررسی ارتباط  SNPها با بروز یک بیماری بپردازید اما هنوز SNP مورد نظر خود را انتخاب نکرده اید می توانید ابتدا به این پایگاه ها داده رفته و ژن هایی را که بین گروه شاهد و بیمار تغییرات بیانی دارند انتخاب نمایید سپس ببینید پروموتر کدام ژن داری SNPای  می باشد که در پروموتور آن قرار گرفته است. به احتمال زیاد این SNP می تواند دلیل تغییر بیان ژن ها باشد، و تغییر بیان این ژن ها نیز با بروز بیماری مرتبط است زیرا  بین دو گروه تغییرات بیانی نشان میدهد. بنابراین SNPیافت شده می تواند یک کاندید مناسب برای بررسی های بیشتر باشد

4. آموزش پایگاه های ارائه دهنده داده های بیانی ژن ها و میکروRNAها مانند GEO

5. آموزش نحوه دریافت داده های خام بیانی

6. آموزش نرم افزار R و نحوه آنالیز داده های خام بیانی

7. آموزش نرم افزار GEworkbench و نحوه آنالیز داده های بیانی

آموزش آنالیز داده های فلوسایتومتری

1. آموزش کلی تکنیک فلوسایتومتری

2. آموزش نرم افزار flowing software در بررسی داده های فلوسایتومتری

3. آموزش نحوه gate بندی کردن داده در بررسی داده های فلوسایتومتری

4. آموزش روش آنالیز داده های مربوط به چرخه سلولی (cell cycle)

5. آموزش روش آنالیز داده های مربوط به آپوپتوز(annexin)

کاربرد امار در بررسی داده های زیستی

1. آموزش انواع متغیرها و کاربرد آنها

2. آمار توصیفی (شاخصهای مرکز و پراکندگی)

3. توزیع نرمال

4.   آموزش نرم افزار SPSS

5. آموزش انواع نمودارها و کاربردهای آن بوسیله نرم افزار prism graphpad

6. آموزش ورود اطلاعات، حذف، ویرایش و دسته بندی داده ها  در نرم افزار های spss و prism graphpad

7. آموزش محاسبه آماره های Relative Risk و Odds Ratio

8. آموزش محاسبه آماره  Confidence Interval

9. آموزش آزمون های آماری T (One way, Independent, Paired T Tests)

10. آزمون آماری ANOVA

11. آزمون آماری کای اسکوئر (Chi Square)

12. آموزش نحوه تعیین اندازه و حجم نمونه در کار های زیستی، تعداد نمونه های انتخاب شده تا چه حد قابل قبول هستند؟

13. آموزش نحوه تعیین حساسیت و اختصاصیت یک بیومارکر برای افتراق بین دو گروه بوسیله ترسیم منحنی Roc ( مانند تعیین اعتبار بیان ژن برای تفکیک افراد سرطانی و نرمال از یکدیگر)

14. آموزش نحوه آنالیز داده های مربوط به بررسی پلیمورفیسم ها مانند SNPها، حضور و یا عدم حضور یک آلل خاص و یا هاپلوتایپ

این درس توسط دو استاد تدریس می گردد و به صورت مشترک می باشد لذا سرفصلهای تدریس ایشان در پرتابل اختصاصی خودشان ارائه شده است

ژنتیک و بیوتکنولوژی

• کارگاه (۲ نمره)
• تمرین (۵ نمره)
• پروژه (۳ نمره)
• آزمون میان ترم (۵ نمره)
• آزمون پایان ترم (۵ نمره)

متد آموزشی: سخنرانی، مباحثه  Brain  Storming ، سرچ و ارائه مداوم تکلیف کلاسی، پرشش و پاسخ، گزارش مرتب کار، بازدید علمی از آزمایشگاهها و مراکز مرتبط

سرفصل های درس مقدمه ای بر بیوانفورماتیک
مقدمه
ضرورت یادگیری بیوانفورماتیک
کاربردهای بیوانفورماتیک در پژوهش های زیست شناسی و پزشکی
ضروریات زیست شناسی سلولی و مولکولی
اجزای سلول
ساختار DNA و تکثیر آن
ساختار RNA و رونویسی
ساختار پروتئین و ترجمه
تنظیم بیان ژن ها
تمایز سلولی
آشنایی با داده های بیوانفورماتیک
فن آوری های تولید داده های زیستی شامل Microarray و Next Generation Sequencing
داده پایگاه های مهم داده های زیست پزشکی
ادغام داده های داده پایگاه های مختلف
مقدمه ای بر روش های آماری
تحلیل تفاوت بیان ژن
آزمون های آماری
مقدار پی
روش های اصلاح مقدار پی
کاهش ابعاد داده های زیستی
تحلیل مقدماتی داده های زیستی با استفاده از زبان برنامه نویسی R
مقدمه ای بر برنامه نویسی در R
نمایش داده ها در R
کتابخانه های R/Bioconductor
تحلیل داده های بیان ژنی Microarray
تحلیل داده های RNASeq
تحلیل GO و Pathway
تحلیل GSEA
متاآنالیز داده ها
آشنایی با تحلیل داده ها روی سرور Linux
ارتباط با سرور لینوکس از طریق SSH و انتقال امن فایل
برنامه نویسی Bash در محیط لینوکس
نصب و به کارگیری نرم افزارهای بیوانفورماتیک به صورت مستقیم
آشنایی با BioConda
اجرای هم روند نرم افزارها
مقدمه ای بر الگوریتم های بیوانفورماتیک
هم ردیفی توالی های زیستی
درخت های تبار (Phylogenetic Trees)
اسمبلی ژنوم
تطابق خوانده ها با ژنوم (Alignment)
پیداکردن موتیف ها (Motifs)
تحلیل های زیست شناسی سیستمی
کاربرد معادلات دیفرانسیل
تحلیل تمایز
تحلیل داده های ساختاری
آشنایی با مساله های تاخوردگی RNA و پروتئین
اتصال پروتئین ها

1. معرفی بیوانفورماتیک، اهمیت و کاربرد آن

2. آموزش شیوه جستجو در پایگاه داده مقالات مانند pmc،  pubmed و Scopus: مقدمه ای برای نوشتن مقالات متاآنالیز (meta-analysis paper)

آموزش پایگاه های داده های زیستی

1. آموزش پایگاه های داده NCBI

2. آموزش پایگاه های داده ensemble و ucsc

4. آموزش پایگاه های داده توالی ژنومی و پروتئینی

5. آموزش نحوه جستجو در داده توالی ژنومی و پروتئینی

6. آموزش نحوه تعیین خصوصیات یک ژن در پایگاه های داده

7. آموزش نحوه تعیین واریانت های  بیانی (transcription variant) یک ژن

8. آموزش نحوه تعیین ایزوفرم ها پروتئینی  یک ژن

9. آموزش نحوه تعیین جهش های (SNP)  یک ژن

10. آموزش نحوه تعیین پروموتر یک ژن

11. آموزش پروژه ژنوم انسان در پایگاه های داده

آموزش عملی بلاست blast

1. آموزش روش های بلاست کردن

2. آموزش نحوه بلاست نمودن توالی ها در پایگاه ها داده (ncbi، ensemble، ucsc و …)

3. آموزش نحوه بلاست توالی نوکلئوتیدی با پایگاه های داده نوکلئوتیدی (blastn nucleotide blast:)

4. آموزش نحوه بلاست توالی پروتئین با پایگاه های داده پروتیئن (blastp protein blast:)

5. آموزش کاربردهای روش های بلاست blastx tblastn tblastx

آموزش تعیین عملکرد پروتئین ها و دومین های آن ها

1. آموزش نحوه تعیین عملکرد یک پروتئین نا شناخته

2. آموزش وب سایت های بررسی ساختار و دومین های پروتئین ها

3. آموزش عملکرد پروتئین ها

4. آموزش نحوه برریسی میانکنش پروتئین ها با یکدیگر در شبکه های ژنی

5. آموزش نرم افزار cytoscape (جهت ترسیم شبکه های ژنی)

6. آموزش سایت DAVID جهت بررسی عملکرد پروتیئن ها

7. آموزش سایت KEGG جهت تعیین مسیرهای بیوشیمیایی پروتیئن ها در موجودات

آموزش فیلوژنتیک و رسم درخت فیلوژنتیکی

1. بررسی انواع هم ردیفی (alignment) و انطباق دو یاچند توالی زیستی و امتیاز دهی به آن ها

2. Local alignment OR Global aligment؟

3. آموزش نرم افزار editseq

4. آموزش نرم افزار megalign

5. بررسی روابط تکاملی و ترسیم درختچه فیلوژنتیکی براساس توالی DNA

6. بررسی روابط تکاملی و ترسیم درختچه فیلوژنتیکی براساس توالی پروتئین

7. آموزش نحوه بررسی اعتبار درختچه های فیلوزنتیکی

8. بررسی نحوه رسم درخچه های فیلوژنتیکی با نرم افزار mega 6

9. بررسی نحوه ترسیم درخچه های فیلوژنتیکی براساس مارکرهای SSR، ISSR و RAPD با نرم افزار Ntsys

10. بررسی ویژگی های فیلوژنتیکی جمعیت ها و افراد نمونه مانند شاخص های قرابت و تنوع براساس مارکرهای SSR ، ISSR  و RAPD با نرم افزار popgene

11. نحوه انجام انالیزها PCA برای خوشه بندی افراد و جمعیت ها

آموزش تخصصی طراحی پرایمر

1. آموزش اصول طراحی پرایمر

2. آموزش نرم افزار oligo 7

3. آموزش طراحی پرایمر با نرم افزار آنلاین  Primer3

4. بررسی کیفیت پرایمرهای طراحی شده

5. بررسی اختصاصی بودن پرایمرهای طراحی شده

6. طراحی پرایمر در تکنیک PCR-RFLP

7. طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن با Real time PCR

8. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای ژن ها

9. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای تکثیر (و یا سنجش بیان ) فقط یک واریانت خاص از ژن نه همه واریانت ها

10. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی و cDNA عمومی برای میکروRNA ها

11. آموزش نحوه طراحی پرایمر لنگر (anchor) برای سنتز cDNA برای میکروRNA ها  و ویژگی هایی که باید داشته باشد

12. آموزش نحوه طراحی پرایمر اختصاصی برای میکروRNA ها  و چگونگی هماهنگی آن با پرایمر لنگر

13. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت  برای کشف قسمت 3/   ژن ها (mRNA) (3/ RACE)

14. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز cDNA اختصاصی برای کشف قسمت 5/   ژن ها (mRNA) (5/ RACE)

15. آموزش نحوه طراحی پرایمر جهت کشف ژن ها در گونه های نزدیک به هم

16. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای سنتز shRNA (سازه ای برای کاهش بیان ژن ها)

17. آموزش نحوه نحوه طراحی پرایمرهای هم پوشان برای حذف و یا اضافه نمودن قسمتی از ژن ها و یا SOEing pcr

18. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای جهش زایی در ژن ها

19. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای کلون نمودن ژن ها

20. طراحی پرایمر در تکنیک ARMS PCRو نحوه افزایش اختصاصیت پرایمرهای مورد استفاده در تکنیک ARMS PCR

آموزش تکنینک کلونینگ

1. آموزش نرم افزار seqbuilder جهت شبیه سازی  فرایند سازی کلون سازی قطعات ژنومی

2. نحوه اصمینان حاصل کردن از طراحی پرایمرها با جایگاه های برشی مناسب و انتخاب جایگاه های برش مناسب

3. نحوه اطمینان حاصل کردن از کلون کردن ژن های فیوژن (مانند یک پروتئین به همراه GFP) در فریم مناسب (جلوگیری از frame shift در کلونینگ)

 بررسی بیان ژن ها

1. آموزش روش های بررسی بیان ژن ها Real time یا RT-PCR

2. آموزش نحوه تعیین حجم نمونه برای گروه های مورد بررسی (مانند گروه بیمار و شاهد،، گروه تیمار و کنترل)

3. آموزش نحوه بیان داده های حاصل

4. آموزش نحوه انجام آنالیزهای آماری  بین گروه ها (t test, anova)

5. آموزش نجوه نحوه تعیین حساسیت و اختصاصیت یک بیومارکر برای افتراق بین دو گروه بوسیله ترسیم منحنی Roc ( مانند تعیین اعتبار بیان ژن برای تفکیک افراد سرطانی و نرمال از یکدیگر)

6. آموزش کاربرد رگرسیون در بررسی داده های بیانی بین دو گروه

7. آموزش چگونه با ترکیب چند مارکر یک مدل بیومارکری با  حساسیت و اختصاصیت  بالاتر به دست اوریم (مانند ترکیب بیان 5 ژن با یکدیگر در تفکیک افراد سالم و سرطانی از یکدیگر)

آموزش آنالیز داده های Real Time

1. آموزش کلی تکنیک Real time

2. اموزش طریقه ارائه داده های حاصل از real time و محاسبه سطح بیان و fold change برای داده های real time

3. بررسی آنالیزهای آماری و تعیین سطح معنی داری برای  داده های حاصل از real time

4. بررسی میزان اعتبار داده های حاصل از real time

5. بررسی کارایی (efficiency) پرایمرها در واکنش real time

نحوه بررسی ارتباط پلیمورفیسم ها (SNP) با یک فنوتیپ خاص مانند بیماری یا سرطان

1. معیار انتخاب SNP ها برای بررسی ارتباط آن ها با یک فنوتیپ چیست؟

2. چگونه SNP ها در یک ژن خاص پیدا نماییم؟

3. اگر یک ژن با بروز یک بیماری مرتبط است آیا میتوان تمام SNP های آن را در جمعیت مورد بررسی قرار داد؟

4. SNPهای موجود در پروموتر یک ژن چگونه می تواند سبب بروز بیماری گردد و این SNP ها محل اتصال چه ترانسکریپشن فاکتورهایی می توانند باشند؟

5. آیا SNP های موجود در ناحیه 3/ ژن ها از طریق تغییر محل اتصال میکروRNAها برروی mRNA می تواند سبب بروز بیماری گردد؟

6. چگونه از مدل های dominant, recessive و co-dominant در آنالیز داده های خود استفاده نماییم؟

7. نحوه محاسبه OR (odd ratio) و CI (confidential interval) برای هر یک از مدل های فوق به چه صورت می باشد؟

8. بررسی هاپلوتایپ برای چند SNP به چه صورت می باشد؟

9. آموزش محاسبه حجم نمونه در مطاعات موردی شاهدی

10. آموزش محاسبه power برای نمونه ها

آموزش آنالیز داده های میکروRNAها

1. آموزش کار با بانک های اطلاعاتی میکروRNAها

2. اموزش  یافتن ژن های هدف میکروRNAها و ترسیم شبکه های میانکنش miRNA-mRNA از طریق نرم افزار های بیوانفورماتیکی

3. آموزش تعیین نقش میکروRNAها در تنظیم شبکه ها (pathway) ها داخل سلولی

4. آموزش روش های بررسی میانکنش بین میکروRNAها و ژن های هدف به صورت آزمایشگاهی

5. آموزش نحوه سنتز cDNA اختصاصی و عمومی و بررسی بیان میکروRNAها

6. آموزش نحوه طراحی پرایمر برای بررسی بیان میکروRNAها

7. آموزش طریقه ساخت سازه های (وکتورها) افزایش بیان میکروRNAها جهت بررسی عملکرد آن ها در سلول

8. بررسی ارتباط وجود SNP در خود میکروRNA و یا محل اتصال آن با بروز بیماری ها

نحوه کشف ژن ها

1. آیا ژنی که در یک گونه شناسایی شده است و دارای عملکردی شناخته شده است را می توان در سایر گونه ها نیز شناسایی کرد؟

2. آیا فنوتیپی یکسان در دو گونه (مانند سنتز یه کارتنوئید خاص) به دلیل وجود ژنی یکسان در دو گونه است؟ و در صورت شناسایی ژن مسئول این فنوتیپ در گونه اول چگونه این ژن را گونه دوم نیز شناسایی نماییم؟

3. چگونه با استفاده موجوداتی که توالی ژنومی انها موجود می باشد و ژن های آنها شناسایی شده اند(مانند گیاه آرابیدوبسیس)  ژن های مورد نظر خود را در گونه خاص پیدا نماییم؟

4. آیا ژنی که در یک موجود شناسایی شده است دارای هم خانواده می باشد و یا به تنهایی مسئول بروز فنوتیپ مربوطه می باشد؟

5. یک خاص ژن دارای چند واریانت بیانی می باشد؟

6. توالی های EST چه هستند و چگونه می توان با استفاده از توالی های EST ژن ها جدید را در موجودات کشف نمود.

7. چگونه میتوان  بر اساس نواحی حفاظت شده ژن ها در بین گونه های نزدیک به هم ژن مورد نظر خود را در گونه خاص پیدا نمایم.

8. نحوه کشف زن های جدید بر اساس توالی ژنومی موجوداتی که به تازگی پروژه ژنوم (توالی یابی کل DNA) انجام گرفته است.

9. نحوه کشف ژن های هم خانواده در یک گونه

10. چگونه با استفاده از روش های 3/ RACE و 5/ RACE توالی ژن مورد نظر را کامل شناسایی نماییم؟

متاآنالیز Meta-Analysis

1. چگونه بدون کار آزمایشگاهی مقاله ISI پژوهشی ( original) بنویسیم؟

2. مقالات مروری (review) به سختی در مجلات ISI چاپ میگردند و فرد نویسند باید فردی با تجربه در زمینه مورد بحث باشد اما مقالات متاآنالیز این گونه نیستند. در بررسی های متاآنالیز کار فرد بررسی و آنالیز نتایج سایر محققان است که این نتایج  در پایگاه های داده موجود می باشد (مانند مقالات چاپ شده). اگر شما 8 مقاله در یک زمینه مشترک (مانند اثر یک SNP با بروز بیماری، یا ارتباط بیان یک ژن با بروز بیماری) در جمعیت های مختلف (کشورهای مختلف) گرداوری نمایید می توانید با بررسی و مقایسه آماری نتایج این مقالات یک مقاله ISI چاپ نمایید (در صورتی که فردی قبلا این کار را انجام نداده باشد) برای مثال به این مقاله متاانالیز  که با بررسی و آنالیز 6 مقاله ، در ژورنال با if=1.29 به چاپ رسیده است توجه فرمایید:

Associations of Interleukin-4 Receptor Gene Polymorphisms (Q551R, I50V) with Rheumatoid Arthritis: Evidence from a Meta-Analysis. GENETIC TESTING AND MOLECULAR BIOMARKERS, Volume 17, Number 10, 2013

3. نحوه انجام انالیزهای متاآنالیز برای صفات کیفی ( مانند پلیمورفیسم ها و یا فراوانی آلل ها ) بر اساس نرم افزار comprehensive meta analysis

4. نحوه انجام انالیزهای متاآنالیز برای صفات کمی ( مانند بیان ژن ها ) بر اساس نرم افزار comprehensive meta analysis

آموزش پایگاه های ارائه دهنده داده های بیانی ژن ها و میکروRNAها

1. با استفاده از تکنولوژی های جدید و گاها کمی قدیمیتر مانند microarray و NGS اکنون بررسی بیان همه ژن های شناخته شده به همراه واریانت های ان ها به صورت بسیار وسیعی صورت گرفته و در حال انجام می باشد. بررسی بیان ژن ها در زمینه هایی مانند سرطان ها، انواع بیماری ها، مراحل مختلف تکوین یک گونه، بافت های مختلف انجام گرفته است. بنابراین اگر پایان نامه شما بررسی بیان یک ژن و یا میکروRNA خاص در بین افراد مبتلا به یک سرطان و یا بیماری خاص با افراد سالم می باشد بهتر است اول سری به این پایگاه های داده بیندازید. درصورتی که کمی شانس بیاورید حتما می توانید مطالعه ای که تمام ژن ها را در بیماری مورد نظر شما مورد بررسی قرار داده باشد پیدا نمایید و با بررسی داده های خام مطالعه یافت شده می توانید اطلاعات نسبی را در مورد میزان تغییر بیان ژن مورد نظر خود در افراد بیمار و کنترل یافت کنید. اصول کار اینگونه است که داده های microarray به دو دلیل نیاز به تایید شدن توسط سایر تکنیک های حساس تر مانند real time دارند . اول اینکه میزان خطا در روش microarray مقداری بالا بوده و دوم اینکه به دلیل هزینه بالا تعداد نمونه هایی که توسط microarray ها بررسی میکنند کم است. پس با بررسی پایگاه های ارائه دهنده داده های بیانی ژن ها و میکروRNAها می توان ژن مورد نظر خود را انتخاب و بررسی های بعدی را با روش های حساستر مانند real time برروی آن انجام داد.

2. در صورتی که شما به بررسی ارتباط  SNPای که در پروموتور ژن قرار گرفته است با بروز یک بیماری می پردازید، فرضیه شما این است که چون این SNP در پروموتر قرار گرفته است  می تواند سبب تغییر در اتصال ترانسکریپشن فاکتورها و در نتیجه تغییر در بیان ژن گردد و این تغییر در بیان ژن با بروز بیماری در ارتباط است. پس شما می توانید اختلاف در بیان این ژن را در بین گروه شاهد و بیمار در این پایگاه های داده بررسی نمایید. اگر بیان ژن در دو گروه متفاوت بود فرضیه شما می تواند درست باشد.

3. در صورتی که شما میخواهید به بررسی ارتباط  SNPها با بروز یک بیماری بپردازید اما هنوز SNP مورد نظر خود را انتخاب نکرده اید می توانید ابتدا به این پایگاه ها داده رفته و ژن هایی را که بین گروه شاهد و بیمار تغییرات بیانی دارند انتخاب نمایید سپس ببینید پروموتر کدام ژن داری SNPای  می باشد که در پروموتور آن قرار گرفته است. به احتمال زیاد این SNP می تواند دلیل تغییر بیان ژن ها باشد، و تغییر بیان این ژن ها نیز با بروز بیماری مرتبط است زیرا  بین دو گروه تغییرات بیانی نشان میدهد. بنابراین SNPیافت شده می تواند یک کاندید مناسب برای بررسی های بیشتر باشد

4. آموزش پایگاه های ارائه دهنده داده های بیانی ژن ها و میکروRNAها مانند GEO

5. آموزش نحوه دریافت داده های خام بیانی

6. آموزش نرم افزار R و نحوه آنالیز داده های خام بیانی

7. آموزش نرم افزار GEworkbench و نحوه آنالیز داده های بیانی

آموزش آنالیز داده های فلوسایتومتری

1. آموزش کلی تکنیک فلوسایتومتری

2. آموزش نرم افزار flowing software در بررسی داده های فلوسایتومتری

3. آموزش نحوه gate بندی کردن داده در بررسی داده های فلوسایتومتری

4. آموزش روش آنالیز داده های مربوط به چرخه سلولی (cell cycle)

5. آموزش روش آنالیز داده های مربوط به آپوپتوز(annexin)

کاربرد امار در بررسی داده های زیستی

1. آموزش انواع متغیرها و کاربرد آنها

2. آمار توصیفی (شاخصهای مرکز و پراکندگی)

3. توزیع نرمال

4.   آموزش نرم افزار SPSS

5. آموزش انواع نمودارها و کاربردهای آن بوسیله نرم افزار prism graphpad

6. آموزش ورود اطلاعات، حذف، ویرایش و دسته بندی داده ها  در نرم افزار های spss و prism graphpad

7. آموزش محاسبه آماره های Relative Risk و Odds Ratio

8. آموزش محاسبه آماره  Confidence Interval

9. آموزش آزمون های آماری T (One way, Independent, Paired T Tests)

10. آزمون آماری ANOVA

11. آزمون آماری کای اسکوئر (Chi Square)

12. آموزش نحوه تعیین اندازه و حجم نمونه در کار های زیستی، تعداد نمونه های انتخاب شده تا چه حد قابل قبول هستند؟

13. آموزش نحوه تعیین حساسیت و اختصاصیت یک بیومارکر برای افتراق بین دو گروه بوسیله ترسیم منحنی Roc ( مانند تعیین اعتبار بیان ژن برای تفکیک افراد سرطانی و نرمال از یکدیگر)

14. آموزش نحوه آنالیز داده های مربوط به بررسی پلیمورفیسم ها مانند SNPها، حضور و یا عدم حضور یک آلل خاص و یا هاپلوتایپ

هدف از این درس، آشنایی دانشجویان با ضروریات تحلیل داده های بیوانفورماتیک است. این ضروریات شامل مروری از کلیدی ترین مباحث زیست شناسی سلولی و مولکولی، الگوریتم های پایه ای بیوانفورماتیک ،روش های آماری و یادگیری ماشین مورد استفاده در تحلیل داده های زیست‐پزشکی ،داده پایگاه های بیوانفورماتیک ،و تحلیل عملی داده ها بر روی سیستم عامل لینوکس و در محیط برنامه نویسی R است. انتظار می رود دانشجویان پس از گذراندن این درس، دانش پایه ای لازم را برای مطالعه ی پژوهش های جدید و گذراندن سایر درس های این حوزه کسب کنند.

*) 10 نمره در اختیار اساتید درس سمینار جهت ارزیابی بخش آموزشی شامل نحوه نگارش گزارش مکتوب و نحوه برگزاری سخنرانی علمی )ارزیابی از طریق بررسی گزارش مکتوب و ارائه شفاهی آن در انتهای دوره انجام خواهد شد

*) 10 نمره در اختیار استاد راهنمای سمینار جهت ارزیابی کیفیت علمی بخش پژوهشی

مفهوم تحقیق و خصوصیات اصلی آن
انواع تحقیق و تقسیمبندیهای متداول )بر اساس نوع بررسی، اهداف، مفاد،
مراحل انجام تحقیق
آقای دکتر مشایخی
اصول انتخاب موضوع تحقیق
عوامل مؤثر بر انتخاب موضوع تحقیق
مراحل انتخاب موضوع تحقیق
معرفی اجزای مختلف پروپوزال
فرضیه پژوهشی
گردآوری دادهها و معرفی انواع متغیرها
مهارتهای پژوهشی
نحوه زمانبندی اجرای تحقیق
روند تحقیق در کشورهای مختلف
نقش و اهمیت اخالق در پژوهش
محورهای کلیدی در اخالق پژوهشی
رفتارهای نادرست پژوهشی
دستورالعمل هایی برای درست نویسی
منشورهای اخالقی
انواع منابع علمی برای مرور ادبیات
انواع مجالت و مقاالت
پایگاههای داده مقاالت، کتاب و پایاننامه
فصل سوم
پایگاههای داده مقاالت، کتاب و پایاننامه
سازماندهی اطالعات جستجو شده
برنامه ریزی شخصی و سازمانی بلندمدت برای تحقیقات
پایگاههای داده مقاالت، کتاب و پایاننامه
نحوه جستجو در پایگاههای داده
معرفی پایگاههای استنادی و معیارهای علمسنجی مقاالت و پژوهشگرها
انواع نوشتارهای علمی و خصوصیات هر کدام
نحوه تهیه و تنظیم گزارش های تحقیقاتی دروس و سمینار )

گام های اصلی
جهت نوشتن یک گزارش، ساختار کلی یک گزارش، شیوه تدوین گزارش
سمینار
فصل چهارم
نحوه تهیه و تنظیم پیشنهاد تحقیقاتی/پروپوزال )گام های اصلی جهت ارائه
یک پروپوزال، چگونگی دریافت فرم پروپوزال، ساختار و محتوای اصلی فرم
پروپوزال، نحوه تهیه و نگارش یک پروپوزال صحیح و اصولی(
نحوه تهیه و تنظیم پایان نامه در دانشگاه تبریز
ادامه نحوه تهیه و تنظیم پایان نامه 
نگارش و ماشین نویسی صحیح گزارش/پایان نامه
ضرورت مقاله نویسی، آشنایی با انواع مقاالت علمی، ساختار و نحوه نگارش
بخشهای مختلف مقاالت علمی، نوشتار مراجع و نحوه ارجاع
فصل چهارم
مدیریت مراجع و منابع با نرمافزارهای Mendeley و Endnote ،انتخاب
مجله مناسب و مراحل ارسال مقاله، اقدامات الزم پس از ارسال مقاله
ویراستارهای مورد تایید فرهنگستان علوم، آشنایی با واژه پردازهای Word و
مقدمه و آشنایی با مبانی ارائه علمی و انواع آن
فصل پنجم
اصول تهیه ارائه شفاهی )ساختار، زمان بندی، طراحی اسالید، بهینه سازی
اسالید
نحوه ارائه مطلب )فیزیک سخنران، ارتباط غیرکلامی، فنون بیان، نحوه اشاره
به نمایش و ...و نحوه پاسخگویی به سواالت
انجام پژوهشی اخالق مدار و رفتارهای نادرست پژوهشی
اخالق در نوشته های علمی 

Whitbeck, C., 2011. Ethics in engineering practice and research. Cambridge University Press. Oliver, P. (2010). The student's guide to research ethics. McGraw-Hill Education (UK). Carter, Matt. Designing Science Presentations : a Visual Guide to Figures, Papers, Slides, Posters, and More. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2021. Civil Tormey, R and Isaac, S. with Hardebolle, C. and LeDuc, I. (2021) Facilitating Experiential Learning in Higher Education; Teaching and Supervising in Labs, Fieldwork, Studios, and Projects. London: Routledge. Hernandez, R.A. (2013) Presenting Across Cultures. Self-published by Ruben A. Hernandez Jay, R. & Jay A. (2003) Effective Presentation: How To Create & Deliver A Winning Presentation. Financial Times Publishing. Maxey, C. & O'Conner, K.E., (2006). Present Like a Pro: The Field Guide to Mastering the Art of Business, Professional, and Public Speaking. New York: St. Martin's Press. Steele, W. R. , (2009). Presentation Skills 201: How to Take it to the Next Level as a Confident, Engaging Presenter. Outskirts Press Inc. http://outskirtspress.com Urech, E., (2004). Speaking Globally, Second Edition: Effective Presentations Across International and Cultural Boundaries. Rollinsford, NH: Book Network International Inc. Cargill, M., & O'Connor, P. (2021). Writing scientific research articles: Strategy and steps. John Wiley & Sons. Sestak, Z. (2008). How to write a paper. G. M. Hall (Ed.). BMJ. Thomas, C. G. (2021). Research methodology and scientific writing. Thrissur: Springer. Kothari, C. R. (2004). Research methodology: Methods and techniques. New Age International. غ

آموزش /فراگیری مبانی و مراحل انجام تحقیق، اصول اخالقی، و روشهای ارائه دستاوردها به صورت کتبی و شفاهی

▪ آشنایی کلی با زمینه های جاری تحقیقاتی در رشته با تاکید بر موضوعات و مسائل مورد نیاز کشور ▪ آشنایی با یک زمینه تحقیقاتی خاص در رشته